XMLEncoder で XML に保存するオブジェクトのプロパティの中で XML に書き出したくないプロパティがある場合には ObjectOutputStream を使った直列化のようにフィールドを transient にするのではなくプロパティに対応する PropertyDescriptor オブジェクトを取得してそれに transient 属性を設定します。

下は任意のプロパティを書き出さないようにするサンプルです。 Test#setTransientProperty メソッドは Class オブジェクトとプロパティ名から対象プロパティを表現する PropertyDescriptor オブジェクトを取得し、その transient 属性を設定します。 プロパティを XML に書き出さないようにするには Boolean.TRUE を指定し、デフォルトの書き出す状態に戻す場合には Boolean.FALSE を指定します。

/******************** Test.java ********************/
import java.beans.BeanInfo;
import java.beans.IntrospectionException;
import java.beans.Introspector;
import java.beans.PropertyDescriptor;
import java.beans.XMLEncoder;
import java.io.*;

public class Test {
    public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException,
                                                  IntrospectionException {
        Book book = new Book("星新一", "きまぐれロボット", 357);
        writeObject(book, "book_1.xml");
        setTransientProperty(Book.class, new String[]{"title", "price"},
                                                           Boolean.TRUE);
        writeObject(book, "book_2.xml");
        setTransientProperty(Book.class, new String[]{"title"},
                                                  Boolean.FALSE);
        writeObject(book, "book_3.xml");

    }

    private static void writeObject(Object bean, String fileName)
                                    throws FileNotFoundException {
        XMLEncoder encoder = new XMLEncoder(
                                 new BufferedOutputStream(
                                     new FileOutputStream(fileName)));
        encoder.writeObject(bean);
        encoder.close();
    }

    public static void setTransientProperty(Class clazz,
                                            String[] properties,
                                            Boolean isTransient)
                                            throws IntrospectionException {
        BeanInfo info = Introspector.getBeanInfo(clazz);
        PropertyDescriptor[] propertyDescriptors =
                                     info.getPropertyDescriptors();
        next:
        for (int i = 0; i < properties.length; i++) {
            for (int j = 0; j < propertyDescriptors.length; j++) {
                PropertyDescriptor pd = propertyDescriptors[j];
                if (properties[i].equals(pd.getName())) {
                    pd.setValue("transient", isTransient);
                    continue next;
                }
            }
        }
    }
}

/******************** Book.java ********************/
public class Book {
    private String author;
    transient private String title;
    private int price;

    public Book() {}
    public Book(String author, String title, int price) {
        this.author = author;
        this.title = title;
        this.price = price;
    }

    public String getAuthor() {
        return author;
    }
    public void setAuthor(String author) {
        this.author = author;
    }
    public int getPrice() {
        return price;
    }
    public void setPrice(int price) {
        this.price = price;
    }
    public String getTitle() {
        return title;
    }
    public void setTitle(String title) {
        this.title = title;
    }
}

/******************** book_1.xml ********************/
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<java version="1.5.0_01" class="java.beans.XMLDecoder">
 <object class="Book">
  <void property="author">
   <string>星新一</string>
  </void>
  <void property="price">
   <int>357</int>
  </void>
  <void property="title">
   <string>きまぐれロボット</string>
  </void>
 </object>
</java>

/******************** book_2.xml ********************/
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<java version="1.5.0_01" class="java.beans.XMLDecoder">
 <object class="Book">
  <void property="author">
   <string>星新一</string>
  </void>
 </object>
</java>

/******************** book_3.xml ********************/
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<java version="1.5.0_01" class="java.beans.XMLDecoder">
 <object class="Book">
  <void property="author">
   <string>星新一</string>
  </void>
  <void property="title">
   <string>きまぐれロボット</string>
  </void>
 </object>
</java>