バージョン 1.9.5.1 以降、MouseExtender の更新のチェックがおこなわれたとき、新バージョンがリリースされている場合は自動的にダウンロードを開始するように仕様が変更されています。そのままインストールをおこなってしまうと、日本語ファイルも同梱の古いものに置き換えられてしまいます。
　新バージョンのダウンロード後にインストールするかどうかの確認が表示されるので、"Install Updates" ボタンを押す前に ja-JP フォルダ の MouseExtender.resources.dll を他の場所へコピーしておいて、インストール後に再度入れ替えてください。
（インストール確認のポップアップ表示が消えてしまっても、トレイ アイコンを左クリックすれば再表示されます。アップデート用のファイルは MouseExtender のフォルダに Updates フォルダを作成して、そこへダウンロードされます。インストール完了後に Updates フォルダは削除されます）