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| 訪問日 | 番号 | 名称 | 住所 | 座標 | 直近駅 |
| 2007/1/20 | 国f301 | 東山洪積世植物遺体包含層 | 京都市東山区今熊野南日吉町 | E135.46.56.4N34.58.53.2 | 京都 |
| 国f302 | オオミズナギドリ繁殖地 | 舞鶴市冠島 | |||
| 国f303 | 郷村断層 | 京丹後市字郷 | |||
| 国f304 | 常照（皇）寺の九重ザクラ | 右京区京北町 | |||
| 2008/9/9 | 国f305 | 深泥池生物群集 | 京都市北区上賀茂深泥池町 | E135.46.13.1N35.3.14.9 | 北山 |
| 国f306 | 清滝川のゲンジボタルおよびその生息地 | 京都市右京区 | |||
| 2008/9/9 | 国f307 | 大田ノ沢のカキツバタ群落 | 京都市北区上賀茂本山町 | E135.45.42.0N35.3.21.9 | 木野 |
| 2014/4/7 | 国f308 | 比叡山鳥類繁殖地（2県以上） | 京都府京都市左京区 | E135.50.38.5N35.3.59.1 | 延暦寺 |
| 国f309 | 稗田野の菫青石仮晶 | 亀岡市稗田野町 | |||
| 国f310 | 遊龍松 | 京都市西京区大原野小塩町 | |||
| 国f316 | 琴引浜 | ||||
| 2008/3/26 | 市f311 | 本願寺（西本願寺）のイチョウ | 下京区堀川通花屋町下ル | E135.45.18.2N34.59.21.0 | 京都 |
| 2008/9/9 | 市f312 | 天寧寺のカヤ | 北区天寧寺門前町 | E135.45.58.3N35.2.2.8 | 鞍馬口 |
| 2008/9/9 | 市f313 | 白峯神宮のオガタマノキ | 上京区今出川通堀川東入 | E135.45.22.3N35.1.36.2 | 今出川 |
| 2008/9/9 | 府f314 | 旧府知事公舎のエノキ | 上京区烏丸通中立売通 上る | E135.45.42.9N35.1.21.0 | 今出川 |
| 2012/2/3 | 府f315 | 石清水八幡宮御文庫のクスノキ及び神楽殿のクスノキ | 八幡市八幡高坊 | E135.42.9.2N34.52.27.5 | 男山山頂 |
| E135.42.9.3N34.52.33.8 | |||||
| 府f3500 | アベサンショウウオ基準産地 | 京丹後市大宮町字善王寺小字姫御前5、6-1、6-2、7-1、7-2、8、9、388、389、391、392、3921、393、394、395、396、397-1、398、399 | |||
| 府f3501 | 八坂神社のスギ | 相楽郡和束町大字中小字菅谷37 | |||
| 府f3502 | 君尾山のトチノキ | 綾部市五津合町大ヒシロ | |||
| 府f3503 | 当尾の豊岡柿 | 木津川市加茂町 | |||
| 府f3504 | 称名寺のニホンナシ | 宇治市東笠取谷ノ奧35 | |||
| 2015/12/4 | 府f3505 | しだれ桜 | 井手町大字井手小字東垣内16地蔵禅院 | E135.49.18.6 N34.48.2.1 | 玉水 |
| 府f3506 | 神宮寺のコウヤマキ | 与謝野町石川 | |||
| 府f3507 | 質志鍾乳洞 | 船井郡京丹波町質志大崩12番地1 | |||
| 2016/10/20 | 府f3508 | アユカケ | 地域指定無し | E135.45.1.6 N34.59.3.9 | 京都 |
| 2016/10/20 | 府f3509 | オヤニラミ | 地域指定無し | E135.45.1.6 N34.59.3.9 | 京都 |
| 府f3510 | ギフチョウ | 地域指定無し | |||
| 府f3511 | ハッチョウトンボ | 地域指定無し | |||
| 府f3512 | 夜久野玄武岩柱状節理 | 福知山市夜久野町小倉 | |||
| 府f3513 | 成相寺のタブノキ | 宮津市字成相寺 五重塔裏 | |||
| 府f3514 | 朝倉神社のスギ（千妻の大杉） | 南丹市園部町千妻岡崎7番地 | |||
| 府f3515 | 滝のツバキ | 与謝野町字滝小字深山316 | |||
| 府f3516 | 下黒田の伏条台杉群 | 京都市右京区京北町下黒田 | |||
| 2013/5/27 | 市f3a05 | 御香宮神社のソテツ | 京都市伏見区御香宮門前町 | E135.46.12.8N34.55.52.9 | 桃山御陵前 |
| 2013/5/27 | 市f3a33 | 金札宮のクロガネモチ | 京都市伏見区鷹匠町8 | E135.45.50.9N34.56.0.7 | 丹波橋 |
| 2014/4/7 | 市f3a10 | 東福寺のイブキ | 京都市東山区本町 | E135.46.35.6N34.58.22.3 | 鳥羽街道 |
| 2014/4/7 | 市f3a07 | 新熊野神社の大樟 | 京都市東山区今熊野椥ノ森町 | E135.46.36.1N34.58.52.0 | 東福寺 |
| 2014/5/15 | 市f3e01 | キリシマツツジ | 長岡京市天神 長岡天満宮 | E135.41.29.3N34.55.13.9 | 長岡天神 |
| 2014/7/3 | 市f3a13 | 武信稲荷神社のエノキ | 京都市中京区三条通神泉苑町西入下ル | E135.44.57.0N35.0.15.2 | 二条 |
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2014/11/28 |
京都市f3a00 |
京都市左京区若王子町 |
蹴上 | ||
| 京都市f3a01 | 八幡宮のスギ | 京都市右京区京北上弓削町弾正27 | |||
| 2018/8/18 | 京都市f3a02 | 大徳寺のイブキ | 京都市北区紫野大徳寺町 | E135.44.56.5N35.2.23.1 | |
| 京都市f3a03 | 宝泉院のゴヨウマツ | 京都市左京区大原勝林院町 | |||
| 京都市f3a04 | 岩屋山志明院の岩峰植生 | 京都市北区雲ヶ畑出谷町261 | |||
| 京都市f3a06 | 慈眼寺のイチョウ | 京都市右京区京北周山町 | |||
| 京都市f3a08 | 日吉神社のケヤキ | 京都市右京区京北矢代中町 | |||
| 京都市f3a09 | 月輪寺のホンシャクナゲ | 京都市右京区嵯峨清滝月ノ輪町 | |||
| 2015/2/2 | 京都市f3a11 | 松尾大社のカギカズラ野生地 | 京都市西京区嵐山宮町 | E135.41.15.7N34.59.48.1 | 松尾大社 |
| 京都市f3a12 | 正法寺のカヤ | 京都市右京区京北五本松町垣内 | |||
| 京都市f3a14 | 由岐神社の杉及びカゴノキ | 京都左京区鞍馬本町 | |||
| 2014/11/28 | 京都市f3a15 | 知恩院のムクロジ | 京都市東山区林下町400 | E135.46.55.5N35.0.7.4 | 東山 |
| 京都市f3a16 | 福徳寺のサクラ | 京都市右京区京北下中町寺ノ下 | |||
| 京都市f3a17 | 総見院のワビスケ | 京都市北区紫野大徳寺町 | |||
| 京都市f3a18 | 貴船神社のカツラ | 京都市左京区鞍馬貴船町 | |||
| 京都市f3a19 | 金剛王院（一言寺）のヤマモモ | 京都市伏見区醍醐一言寺裏町 | |||
| 2014/11/28 | 京都市f3a21 | 青蓮院のクスノキ | 京都市東山区粟田口三条坊町 | E135.47.8.1N35.0.16.5 | 東山 |
| 2018/8/18 | 京都市f3a22 | 鹿苑寺（金閣寺）のイチイガシ | 京都市北区金閣寺町 | E135.43.56.2N35.2.9.1 | |
| 2014/11/28 | 京都市f3a23 | ミナミイシガメ | 京都市全域 | E135.47.11.8N35.0.46.0 | 東山 |
| 京都市f3a24 | 片波西谷のトチ | 京都市右京区京北片波町 | |||
| 京都市f3a25 | 柊野のチリツバキ | 京都市北区上賀茂北ノ原町 | |||
| 京都市f3a26 | 古知谷のカエデ | 京都市左京区大原古知平 阿弥陀寺 | |||
| 京都市f3a27 | 花脊の天然伏状台杉-日本一の台杉- | 京都府京都市左京区花脊原地町 | |||
| 2016/10/21 | 京都市f3a28 | 由岐神社のスギ及びカゴノキ | 京都市左京区鞍馬本町 | E135.46.28.2 N35.6.46.5 | 鞍馬 |
| 京都市f3a29 | 霊鑑寺の日光 | 京都市左京区鹿ケ谷御所ノ段町 霊鑑寺 | |||
| 京都市f3a30 | 久多の大杉 | 京都市左京区久多中の町 大川社 | |||
| 京都市f3a31 | 白山神社のカシ | 京都市右京区京北田貫町 白山神社 | |||
| 京都市f3a32 | 片波西谷のトチ | 京都市右京区京北片波町 | |||
| 2015/12/4 | 井手町f3b00 | (f3b00井手町）井手の玉川堤の山吹 | 井手町 | E135.48.39.2N34.47.44.2 | 玉水 |
| 与謝野町f3c00 | 椎樹 | 与謝野町字岩滝弓木新宮権現山 | |||
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亀岡市f3d00 |
国分寺境内地ｲﾁｮｳ(お葉付ｲﾁｮｳ,乳ｲﾁｮｳ) |
亀岡市千歳町国分桜久保 |
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| 長岡市f3e00 | 柏槇 | 長岡京市粟生西条内 光明寺 | |||
| 長岡市f3e02 | ヤマモモ（楊梅） | 長岡京市浄土谷船ヶ谷 | |||
| 長岡市f3e03 | 乙訓寺のモチノキ | 長岡京市今里3丁目14-7 乙訓寺 | |||
| 宇治市f3f00 | 金子邸のかや | 宇治市東笠取稲出 | |||
| 久御山町f3g00 | 雙栗神社のクスノキ | 久御山町大字佐山小字双栗 | |||
| 南丹市f3h00 | 知見正法寺のイチョウ | 南丹市美山町知見家ノ上25 | |||
| 南丹市f3h01 | 北八幡神社のスギ | 南丹市美山町北宮ノ本31番地1 | |||
| 南丹市f3h02 | 北稲荷神社のトチ | 南丹市美山町北西山14 | |||
| 南丹市f3h03 | 小林家住宅のモミジ | 南丹市美山町下平屋 | |||
| 南丹市f3h04 | 宮脇道相神社のカヤ | 南丹市美山町宮脇ヒノ谷43番地1 | |||
| 南丹市f3h05 | 静原光照寺のヤマザクラ | 南丹市美山町静原猪谷尻6 | |||
| 南丹市f3h06 | 諏訪神社のスギ | 南丹市美山町鶴ヶ岡宮ノ脇2 | |||
| 南丹市f3h07 | 松尾鈴波神社のスギ | 南丹市美山町豊郷宮ノ谷11 | |||
| 南丹市f3h08 | 三埜菅原神社のスギ | 南丹市美山町三埜久里谷17 | |||
| 南丹市f3h09 | 小笹尾大川神社のスギ | 南丹市美山町三埜仲筋23 | |||
| 京丹波町f3i00 | カヤの木 | 京丹波町細谷 | |||
| 京丹波町f3i01 | 七色の木 | 京丹波町仏主 | |||
| 2016/2/28 | 福知山市f3j00 | キマダラルリツバメ | 福知山市三段池公園・城山公園一帯 | E135.8.27.2N35.18.26.0 | 福知山 |
| 福知山市f3j01 | 福知山市池田大神宮 | 福知山市池田 | |||
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舞鶴市f3k00 |
ｳﾐﾈｺ,ﾋﾒｸﾛｳﾐﾂﾊﾞﾒの繁殖地沓島 |
舞鶴市字野原、小橋、三浜 |
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| 舞鶴市f3k01 | イチョウ（銀杏） | 舞鶴市字松尾 松尾寺 | |||
| 舞鶴市f3k02 | カヤ（榧） | 舞鶴市字鹿原 金剛院 | |||
| 舞鶴市f3k03 | しだれ桜（古木と若木） | 舞鶴市字吉田 瑠璃寺 | |||
| 舞鶴市f3k04 | リンボク（木） | 舞鶴市字城屋 天王社 | |||
| 舞鶴市f3k05 | 三浜海蔵寺のシイ | 舞鶴市字三浜 海蔵寺 | |||
| 舞鶴市f3k06 | 青葉山のオオキンレイカ | 舞鶴市字松尾小字青葉山 | |||
| 宮津市f3l00 | 成相寺の逆スギ | 宮津市字成相寺 | |||
| 宮津市f3l01 | ムクノキ | 宮津市字外垣小字オイノク | |||
| 宮津市f3l02 | 八幡神社の椎林 | 宮津市字宮村小字猪ノ岡 | |||
| 宮津市f3l03 | 大フケ湿原 | 宮津市字上世屋 | |||
| 京丹後市f3m00 | 内山の大ブナ | 京丹後市大宮町五十河奥野 | |||
| 京丹後市f3m01 | 鳴き砂 | 京丹後市網野町掛津、遊 | |||
| 京丹後市f3m02 | 平海岸海浜植物群自生地 | 京丹後市丹後町平湊 | |||
| 京丹後市f3m03 | 宇川流域天然鮎生息地 | 京丹後市丹後町小脇〜平 町内全流域 | |||
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京丹後市f3m04 |
八幡神社のﾑｸﾛｼﾞ-日本一のﾑｸﾛｼﾞ- |
京丹後市峰山町鱒留大成354 八幡神社 |
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| 宇治田原町f3n00 | 清水家のカヤ | 宇治田原町岩山 | |||
| 宇治田原町f3n01 | 大滝及び周囲の自然環境 | 宇治田原町湯屋谷 | |||
| 宇治田原町f3n02 | 御栗栖神社の大杉 | 宇治田原町大字南小字宮ノ上西 | |||
| 2016/2/28 | 福知山市f3z04 | 長安寺のイチョウ | 福知山市字奥野部577 | E135.5.15.7N35.18.38.7 | 福知山 |
| 福知山市f3z01 | 稲荷神社のコウヨウザン | 福知山市字上野 稲荷神社 | |||
| 福知山市f3z02 | 生野神社のケヤキ | 福知山市三俣541 | |||
| 福知山市f3z03 | 多保市大池のマルバヤナ | 福知山市字多保市 多保市大池 | |||
| 福知山市f3z05 | 大歳神社のスギ | 福知山市字榎原 大歳神社 | |||
| 福知山市f3z06 | 三嶽神社のケヤキ | 福知山市字上佐々木 三嶽神社 | |||
| 福知山市f3z07 | 三岳山のイタヤカエデ | 福知山市字上佐々木 三岳山 | |||
| 福知山市f3z08 | 三岳山のウラゲトチノキ | 福知山市字上佐々木 三岳山 | |||
| 福知山市f3z09 | 八幡神社のウラジロガシ | 福知山市字雲原 八幡神社 | |||
| 福知山市f3z10 | 有徳神社のカツラ | 福知山市字天座 有徳神社 | |||
| 福知山市f3z11 | 六柱神社のカゴノキ | 福知山市字行積 六柱神社 | |||
| 福知山市f3z12 | 轟水満宮のモミ | 福知山市三和町菟原 | |||
| 福知山市f3z13 | 柿本観音堂のタブノキ | 福知山市夜久野町畑 | |||
| 福知山市f3z14 | 井田共同墓地のシラカシ | 福知山市夜久野町井田 | |||
| 福知山市f3z15 | 夜久野町内採取化石 | 福知山市夜久野町平野2150夜久野町化石郷土資料館 | |||
| 舞鶴市f3z16 | ムクロジ | 舞鶴市小倉 小倉若宮神社 | |||
| 京丹後市f3z17 | 雲松寺跡タラヨウ | 京丹後市久美浜町小桑 | |||
| 宮津市f3z18 | 金剛心院のカゴノキ | 宮津市日置2268 | |||
| 京丹後市f3z19 | 霧ノ宮神社八岐スギ | 京丹後市大宮町五十河415 | |||
| 京丹後市f3z20 | 峰山陣屋跡のエノキ | 京丹後市峰山町吉原97-2 | |||
| 京都市f3z21 | 貴船神社のカツラ | 京都市左京区鞍馬貴船町180 | |||
| 京丹波町f3z22 | 九手神社のアラカシ | 京丹波町豊田九手125 | |||
| 京丹波町f3z23 | 浄光寺の夫婦イチョウ | 京丹波町安井光久33 | |||
| 京丹波町f3z24 | 源水の大スギ | 京丹波町須知岩清水20 | |||
| 京丹波町f3z25 | 質美八幡宮の鎮守の大杉と八幡ケヤキ | 京丹波町質美庄和ノ上46 | |||
| 京丹波町f3z26 | 岩山神社のスギ | 京丹波町塩田谷岩山1 | |||
| 京丹波町f3z27 | 祥雲寺霊木の檜 | 京丹波町大迫上ノ山36 |
※ リンクなしは未訪問です。直近駅に記入がないのは、自動車等で訪問。
※
座標はMapFanにより訪問後調べた値です。E:東経、N:北緯
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※特：国指定特別天然記念物、国：国指定天然記念物、県：県指定天然記念物、市：市指定天然記念物、解除：指定解除