５８７年、聖徳太子が四天王寺建立のため資材を求めて諸国を旅しているとき、この地に湧く泉で身を清めようとし、念持仏と衣類を木の枝に掛け、沐浴したところ、念持仏が枝から離れなくなってしまった。そして、その夜の夢でお告げがあり、建てたのがこの六角堂であるとされている。
そしてこの念持仏が現在の本尊で、高さ５．５ｃｍの
如意輪観音像とされているが、秘仏であるため詳細は不明。現本尊は六臂の如意輪観音坐像とされているが平安〜鎌倉時代の記録には、「金銅三寸」「二臂如意輪観音」との記述がある。
その後幾度か火災に遭い、現在の六角堂は、１８７５年（明治８年）に再建されたものである。
また、池の傍らに建てられた坊舎(池坊）は、本堂への供花の始まりとされており、現在の華道の家元池坊家の始まりでもある。その家元は、六角堂の住職もつとめている。
第十七番六波羅蜜寺の周辺に停めたマイカーに乗り、六角堂を目指すが、次の
第十九番革堂へのルートを考え、
御池通りの地下にある市営駐車場にマイカーを停め、そこから徒歩で京の町を散策しながら六角堂を目指すことにする。
京都の中心、烏丸通りを御池通りから南に、「姉、三、六角、蛸、錦、・・・（あねさん ろっかく たこにしき、・・・）」と下った３本目の六角通りを左折。オフィス街のビルの谷間に緑が現れる。文字通り六角堂があるから六角通りと呼ばれている。
正面から見ると六角には見えないが、隣のビルの展望エレベータから見ると六角になっているのが良くわかる。
