第二十一番穴太寺は京都市の北西、亀岡市の農村地域にある。第二十番善峯寺からマイカーで約３０分、国道９号線を西へ、京都縦貫道亀岡ICからわずか５分ほどのところにある。
駐車場に車を停め、約１分ほどで山門前に出る。つい最近まで古びた土塀に囲まれていたが、白塗りの真新しい土塀に生まれ変わり、すっきりとした風情となった。口丹波亀岡の農村地帯にたたずむこじんまりとした寺である。
建立は７０５年。文武（もんむ）天皇の勅願により大伴旅人の甥、大伴古麿が薬師如来を本尊として寺を開いたと伝えられている。稲の豊作への信仰が根付いているのか、穴穂寺とも言われている。札所としての本尊は聖観世音菩薩。丹波の郡司・宇治宮成の妻妙智が評判の悪い夫を改心させようと９６２年、京都の仏師感世に仏像を彫らせた。宮成はその礼として感世に白馬を与えたが、惜しくなり感世を弓で射ってしまった。家へ戻ると観音像の胸に矢が刺さり血が流れていたという。身代わりとなった観音像のお陰で感世は無事だったと言う。
この説話により、穴太寺の観音は「身代わり観音」として深く信仰された。

聖観音像は３３年に一度だけ開帳される秘仏で、'０８年から'１０年に毎年1ヶ月だけ開帳が予定されている。
本堂の釈迦涅槃像も人気が高く、病気に悩む人が治してほしい部分を撫でると病気が治るとの言い伝えがある。
境内は広くはないが、本堂の格天井（ごうてんじょう）には狩野派の絵師が動植物の絵を１３１枚も描いている。また、本堂左にある本坊の書院から眺める丹波随一と称される庭園、多宝塔は心癒される思いがする。