日本には仏教伝来と共に６世紀半ばごろ漢訳された経典と共に伝来したが難解なために、文字自体を仏法の神聖な文字として崇められた。天平期には遣唐使や鑑真らの唐僧が悉曇梵語に堪能で、徐々に広まっていく。大安寺で唐僧仏哲と天竺僧菩提僊那が悉曇梵語の講義を行うと、日本人僧にも悉曇梵語の読み書きが浸透していく。
平安時代に入ると、最澄、空海らが悉曇梵語の経典を大量に唐から持ち帰リ、彼らにより、真言として梵字は一般の人々の間にも広まった。
しかし、その後の遣唐使の廃止により新しい梵字の資料が日本に入ってこなくなり、インドにおける字体の変化は日本には伝えられず、当時の悉曇文字がそのまま現在まで伝えられている。

このような歴史を経て、日本では、梵字は単なる文字ではなく、それ自体に力がある霊的な神聖文字である、と信じられるようになった。
そして、諸尊を象徴表示する「種字」は、単なる仏のイニシャルとして記されるのではなく、一尊のもつすべてを包蔵しているとされ、梵字の仏さま、つまり「梵字仏」として大切に扱われるようになった。

下に掲載している「梵字本尊」は、西国巡礼中興の祖・花山法皇の没後１千年にあたり、平成20年9月1日から平成22年5月31日までの期間、一千年来初めて、西国三十三所全札所揃ってのご本尊ご開帳（西国三十三所結縁御開帳）が順次行われた際に、ＪＲ西日本のイベント「駅からはじまる西国三十三所めぐり」スタンプラリーと称して配布されたものである。