マリンは大学をセント・ジョーンズ大をいう私立のカトリック系大学を選んだ。マリンはすばらしい環境や施設を求めるのではなく家から電車ですぐの場所にある大学を選んで、家族を生活の中心に考えていた。
　１９８１−８２シーズン、セント・ジョーンズ大は２１勝９敗の成績を残し、マリンの１年目のアベレージは１６．６点だった。そして２年目、彼はチームのスタートして頭角を現した。マリンは動きが少しスローだとか、ジャンプ力が足りない、肉体的にも強じんになるべきだ、と分析する人が多かったが、マリンの得点を阻止する方法をわかっている相手は少なかった。セント・ジョーンズ大は全米３位でその年のシーズンを終了。さらに翌年もマリンはドンドンと力（アベレージ２２．９得点。）を伸ばした。
　１９８４年２月２１日にビッグ・イースト・カンファレスのライバル高であるジョージタウン大との試合が記憶に残っている。セント・ジョーンズ大は、試合終了間際に２点リードを奪っていた。だが、ボールはジョージタウン大側だった。しかし、マリンがボールをスティールすると、味方にパスしてレインアップが決まり、セント・ジョーンズ大が７５対７１で勝利した。この試合のマリン成績は、３３得点、４アシスト、３スティール、４リバウンドをマークした。
　１９８４年、マリンはロサンゼルス・オリンピック代表チームのメンバーとともに夏を過ごした。ボビー・ナイトコーチの指揮の下、金メダルを獲得した。マリンは全試合の８ゲームに出場。得点は、マイケル・ジョーダン（１３７得点）に次いで２番目に多い９３得点。チームのスターターではなく、出場時間もチーム５番目でしかなかったにもかかわらずだ。
　　

セント・ジョーンズ大での現在ＮＢＡでプレーしている選手
年度	名前・現所属チーム	POS
85	ビル・ウェニントン（キングス）	Ｃ
87	マーク・ジャクソン（ペイサーズ）	Ｇ
90	ジェイソン・ウィリアムス（ネッツ）	Ｆ
92	マリック・シーリー（ウルブス　2000年5月21日に交通事故死）	Ｇ
92	ロバート・ワーダン（ネッツ）	Ｃ
98	フェリッペ・ロペス（グリズリーズ）	Ｇ
99	ローワン・バレット（76ers）	Ｇ
99	タイロン・グラント（ホーネッツ）	Ｇ
99	ロン・アーテスト（ブルズ）	Ｇ
99	ゼンドン・ハミルトン（マーベリングス）	Ｆ

　マリンが４年生の時ののセント・ジョーンズ大は31勝４敗で、NCAAトーナメント前年度優勝チームジョージタウン大を再度破った。前回を同じで、大番狂わせの勝利だ。そして再び全国3位にランキングされたがNCAAトーナメントでジョージタウン大との再戦では敗れてしまった。マリンの大学最終学年のアベレージは19.8得点。セント・ジョーンズ大の歴代通算得点の記録を破る2440得点を取りトップに立った。しかも、オール・アメリカン・ファースト・チームに選ばれ、大学バスケットの年間最優秀選手賞ジョン・ウッデン賞まで獲得した。セント・ジョーンズ大でマリンはビル・ウェニントン（キングス）、マーク・ジャクソン（ペイサーズ）と共にプレーしていた。セント・ジョーンズ大のチームメイトだった黒人選手が、「俺が知っている中で、ストリート・バスケットを理解している唯一の白人だ」と言った。
　マリンがプロ入りするのは当然のことだった。しかし、NBAドラフトでどういう訳か、一巡目にゴールデンステイト・ウォリアーズから指名を受けたが、全体からは7番目の結果となった。