腸内細菌
ご存知とおり、地球上のあらゆる場所には細菌（バクテリア）がいます。強い胃酸が出ているので細菌はとても生息できないだろうと思われていた胃の中でさえ、ピロリ菌という菌がいる場合があることが発見されたのは有名な話です。人間の腸の中にも当然、細菌は生息していて、その数はなんと、１００種類、１００兆個もの細菌が定住しているそうです。当然、小腸や大腸にも菌は住みついており、これらを「腸内細菌」といいます。その数は天文学的な数字で、腸の内容物わずか１ｇあたりには、数千億個の細菌が住みついているとのこと… 地球の総人口は現在約６０億人だそうですから、１円玉の重さの中に地球の総人口の何十倍もの細菌たちがひしめいていることになります。
人間と腸内細菌の共生関係
自分の腹の中に１００兆個もの細菌が住んでるなんて、なんだか考えただけで気持ち悪くなる話ですが、実は、人間と細菌は、共生関係、言わば、ギブ＆テイクの関係にあります。これは、人間だけでなく、他の哺乳類、爬虫類、鳥類や昆虫についても言えます。有名な例なのでご存知のかたも多いと思いますが、シロアリは消化管内の微生物の助けをかりて木材のセルローズを消化してます。人間と腸内細菌についても、人間が細菌に住む場所と食料を提供する一方、、細菌も人間に様々な恩恵を与えてくれています。その恩恵は、例えば、人間に必要なある種のビタミンを合成したり、人間の消化・吸収を助けたり、免疫刺激により免疫機能を高めたり、外来菌を排斥しようと働くことにより外来の病原菌から感染防御していることです。
善玉菌、悪玉菌、日和見菌
腸内細菌の分類の仕方にはいくつかありますが、宿主である人間に対して、有益であるか、害を与えるかという観点から分類されたのが、「善玉菌」、「悪玉菌」、「日和見菌」と言われているものです。人間にとって有益な腸内細菌が「善玉菌」、有害な菌が「悪玉菌」です。有益な面も有害な面も持ち合わせており、宿主が健康な間はおとなしくしているが、宿主の体が弱ってくると悪い働きをするのが「日和見菌」です。
定住菌、通過菌
一方、腸内に定住しているか、それとも、腸内を通過するだけかによって、「定住菌」、「通過菌」という分け方もあります。
善玉菌の代表：乳酸菌
代表的な善玉菌は「乳酸菌」です。乳酸菌は炭水化物を分解して、文字通り、「乳酸」をはじめとする酸を作る菌の総称です。乳酸菌は、悪玉菌のように蛋白質を分解して腐敗させる能力はありません。「乳酸菌」というのは慣用的な呼び方であって、分類学上の呼び名ではありません。この「乳酸菌」と呼ばれている菌には、「ビフィズス菌」や「乳酸桿菌」が含まれます。ビフィズス菌は乳酸に加えて「酢酸」も産出するので、酸に弱い悪玉菌の抑制効果が高いそうです。乳酸菌の種類を図でまとめると、以下のようになります。
乳酸菌─┬ビフィズス菌───────┬ビフィダム菌
│（ビフィドバクテリウム属）│
│ ├ロングム菌
│ │
│ ├ブレーベ菌 ※
│ ：
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├乳酸桿菌─────────┬カゼイ菌────┬ シロタ株（ヤクルト菌）
│（ラクトバチルス属） │ ：
│ │
│ ├アシドフィルス菌
│ │
│ ├ガッセリー菌──┬ OLL 2716株（プロビオヨーグルトのＬＧ２１）
│ │ ：
│ │
│ ├ブルガリクス菌 ※
│ ：
│
├連鎖球菌─────────┬フェカーリス菌
│（ストレプトコッカス属） │
│ ├サーモフィルス菌 ※
│ ：
：
※ ブレーベ菌は乳児の腸や膣に定住し、成人の腸内に定住することはほとんどありません。
また、ブルガリクス菌、サーモフィルス菌はヨーグルトなどに含まれます。腸内には定住しません。
悪玉菌、日和見菌
「悪玉菌」の中には、バクテロイデス、ユウバクテリウム、クロストリジウム、嫌気性レンサ球菌、大腸菌、腸球菌などがあります。「悪玉菌」は蛋白質を腐敗させ、アンモニア、硫化水素、アミン、インドールといった悪臭を放つ物質を産出します。残念ながら、成人の腸内では、バクテロイデス、ユウバクテリウム、嫌気性レンサ球菌などの嫌気性の（空気中では存在できない）腐敗菌が最も大きい割合を占めてしまいます。嫌気性菌群のうち、ビフィズス菌以外は利用できる糖源がなくてもアミノ酸などを利用してどんどん増殖します。大腸菌は大抵のものを利用でき、あまり栄養素がない状態でも増殖できます。反対にビフィズス菌は糖の利用に優れていますが、利用できる糖源がないとほとんど増殖できません。植物の世界において雑草の生命力が強いように、腸内細菌においても悪玉菌はしたたかであるのでしょうか… バクテロイデスや大腸菌はある種のビタミン合成や感染防御など人間にとって有益な一面も持っているので「日和見菌」と分類される場合もあるようです。食事などで脂肪を多く摂ると、バクテロイデスが増殖する傾向があるそうですから、腸内の腐敗を抑えるためにも、脂肪の摂りすぎには注意したほうがいいようです。なお、悪玉菌として有名な「ウェルシュ菌」は、「クロストリジウム」の一種です。