コンドロイチン硫酸の第1の薬理作用は痛み止めで、体内で炎症が起こった時カルシウム、ビタミンCの充足が必要でこれらの成分の吸収を助けるのがコンドロイチン硫酸であります。関節痛は、関節面を覆っているクッションの役目をする軟骨が擦り減って衝撃が大きくなる為に起こるのです。（すり切れ病と呼んでいます）軟骨の主成分はコラーゲンとムコ多糖類で、ムコ多糖類は老齢化、ビタミンCの不足でヒアルロン酸の分解が進みます。体内でのムコ多糖類の合成にはビタミンAが必要で、更に、コラーゲンの給源である良質のたん白質、コンドロイチン硫酸、ビタミンC、E、B２、ニコチン酸アミドなどの抗酸化作用のあるものが必要であります。

末期ガン患者に鮫の軟骨スープを飲ませたら良化した例があります。骨湯を飲むと中気（脳卒中）にならないと云われています。一般的に認められている臨床効果は、腹膜などの癒着防止作用、ストレプトマイシンによる難聴の防止、腎炎、ネフローゼ、偏頭痛、腰痛や五十肩、神経痛、リュウマチ、動脈硬化、角膜保護、脱毛防止などです。

抗潰瘍性は古くから知られ、ペプシンの分泌とその活性を抑制する作用がある為とされ、動脈硬化については、動脈壁細胞の賦活作用と共にヘパリノイドとして機能し、リポプロテンリパーゼの活性化による脂質沈着防止と血栓形成抑制によるとされ、脳動脈硬化より心臓動脈硬化に有効とされています。膵リパーゼの活性低下で脂肪の分解阻止、脂肪酸の吸収阻害、アミラーゼによるデンプンの分解阻害でブドウ糖の吸収を低下させ肥満予防作用もあります。又、細胞老化の予防にも、コンドロイチン硫酸の保水機構や、細胞外液の容量やイオンの調節機構に関係していて、感染防止作用とくにウィルスに対する作用は、高分子アニオン効果――細胞や血球をアニオンが取囲み表面の陰性荷電を高めてウィルスの接触を排除――が注目されています。

植物性食物繊維の働きは、コレステロール吸収阻害作用があり、糖尿病、高脂血症、高血圧、心臓病、腎臓病に効果がありますが動物性繊維であるコンドロイチン硫酸も同じ働きがあります．以上のようにまとめると次のようになります。