高校生のリオは、所属する天文部の野外観測中に新彗星を発見し、天文台に連絡する。　連絡を受けた天文学者が彗星の軌道を計算すると、彗星が地球に衝突する事を発見し、政府高官に資料を車で持って行く途中、交通事故で死んでしまう。その後かなり経ったころ、ＴＶニュース・リポーター志望のジェニーは、大統領側近の不倫疑惑を追跡中、「エリー」と言う女性名を耳にする　しかしそれは不倫相手の名前ではなく、彗星衝突に備えるための、極秘のコード名(E.L.E(Extinction Level Ivent))だった。　大統領は、「エリー」をマスコミがかぎつけたことを知り、スッパ抜かれてパニックになるよりは、と緊急記者会見を開き、１年後に彗星が衝突する事を全世界に公表する。予想される被害は地球規模の大きさで、恐竜が絶滅したのと同じ状況になりそうだった。　人類を存続させるため、米中央部の山中の地下に巨大シェルターを作り、抽選で選ばれた１００万人を避難させ、色んな植物や生物、動物も保存する「ノアの箱舟」的な対策と並行して、彗星に核爆弾を設置して、彗星を爆破または軌道を変えさせる為のロケット発射計画を併せて発表する。　宇宙ロケットは８カ月後に完成し、タナー艦長（デュバル）に率いられた６人のクルーの乗った「メサイア号」は彗星に到着する。核爆弾を彗星内部に設置し爆破するが、彗星は大小２つに分裂しただけで、地球への軌道に変化は無く、このままでは地球の破滅はまぬがれんかった。　　リオの家族は抽選で当り、シェルターに入れることになったが、リオの恋人サラ（ソビエスキー）の一家は抽選に外れる。　　　家族になればシェルターに入れるんで、高校生ながらリオとサラは結婚し、リオの家族として一緒にシェルターに入ろうとする。　　だがサラは、サラの両親を置いて自分だけ助かりたくないと、シェルター入りを拒否する。　リオは家族と一緒にシェルター入口まで来るが、サラを救おうと思い直し、避難民で大混雑するハイウェイをバイクでサラを探しに戻る・・・。
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