アガロースゲル電気泳動は、DNAの大きさや濃度の確認に用いられる。

1）サンプル数に応じて15mlまたは30mlのゲルを作製する。
　プラスミドDNAの場合は0.75％、短いDNA断片の確認には1.0〜2.0％のゲルを作製する。

2）アガロース粉末をコルベンに取り、1x TAEバッファーを加えて電子レンジで溶かす。

3）ゲル溶液の温度が60℃くらいまで下がったらEtBrを加える。
　15mlゲルの場合は0.5ul、30mlゲルの場合は1.0ul加える。
　DNA断片が短い場合は、ここでEtBrを加えずに後染めを行ってもよい。

4）ゲルを容器に移してコームを差し、4℃で15分程度静置して固める。

5）電気泳動。

　

50xTAE： 242g Tris base, 57.1ml gracial acetic acid, 100ml 0.5M EDTA(pH8.0)をDDW 1Lに溶かす。 0.22〜0.45のフィルターで濾過して使用。 gracial acetic acidをピペットで加えるときは安全ピペッターを使用する。酸っぱいから。

1）DNAやRNAは陽極側に、EtBrは陰極側に流れる。
　このため、流しすぎるとDNAやRNAがEtBrのない領域に行ってしまいバンドが確認できなくなる（短いDNA断片の場合に多い）。
　そこで、ゲル作製時にEtBrを加えず、泳動後のゲルをEtBrを含む1x TAEバッファーに15〜30minほど浸して後染めするという手法が有効。

2）プラスミドDNAの確認などには1x TAEバッファーにアガロースを溶かしたゲルを用い、〜500bp程度の短いDNAの確認には1x TBEを用いると分離がよい。

3）ゲルを溶かす際に、アガロースに1xTAE を加えてしばらく静置させると、ゲルがふやけて良い塩梅のゲルが出来るらしい。

4）アガロースにもイロイロと種類がある。
　プラスミドDNAの確認なんかには電気泳動用のアガロースを使うので十分。
　DNA断片をゲルから切りだして回収するとき、断片の差が小さく分離が困難なとき（0.5kbくらいしか違いがないとき）などはSeaKemを使うと良い。
　ゲルからDNAを回収するときにフェノール法を使う場合は低融点ゲルを使うといいらしい。使ったこと無いけど。

5）10x Gel loading bufferの作り方が謎。　

6x Gel loading buffer for DNA/RNA（type IV）： 40%（W/V）sucrose, 0.25% Bromophenol blueをDDWに溶かして使用（4℃で保存）。

おそらくこの6xGLBを多少いじって作ったと思うのだが。

ちなみにTaKaRaの制限酵素なんかに付いてくる10xGLBの組成は
1% SDS, 50% Glycerol, 0.05% Bromophenol Blue
だそうで。

6）Bromophenol blueを加えずにGLBを作ると透明のGLBが出来るぞ！
　これで短い断片も見やすいね。
　ちなみにBromophenol blueは300bpくらいのDNAと似た泳動パターンを示します。　

文責：平滑王