プラスミド精製


Plasmid DNA粗抽出液の調製

 1:2×TYをSチューブに1.5mlずつ分注し、コロニーを接種する。
 2:37℃のインキュベーターで8〜16h振盪培養する。
 3:培養液を1.5mlチューブに移し、10,000rpmで1min遠心した後、上澄みをアスピレーターで除く。
 4:60ulの氷冷したSol.Iを加えてボルテックスし、5min氷冷する。
 5:120ulのSol.IIを加えて15回ほどゆっくり反転させた後、5min氷冷する。
 6:90ulの氷冷したSol.IIIを加えて15回ほどゆっくり反転させた後、10min氷冷する。
 7:12,000rpmで5min遠心し、上澄みを新しいチューブに移す。
 8:上澄みに160ulのイソプロパノールを加えてボルテックスする。
 9:室温で15min静置し、12,000rpmで5min遠心し、上澄みを捨てる。
10:200ulの70%エタノールでリンスした後、12,000rpmで1min遠心し、上澄みを捨てる。
11:真空乾燥を5min行い、50ulのTEを加えてボルテックスする。
12:スピンダウンの後、-20℃で保存する。

 操作6で氷冷したまま半日ほどは放置可能。
 操作8の後、丸一日ほどは放置可能。


RNaseA処理&フェノール抽出(DNA溶液50ulあたり)

 1:1ulのRNaseA(0.5mg/ml)を加え、37℃のウォーターバスで30minインキュベートする。
 2:50ulのフェノールを加えてボルテックスし、1min氷冷する。
 3:12,000rpmで1min遠心し、上澄みを新しいチューブに移す。
 4:上澄みに50ulのクロロホルムを加えてボルテックスし、1min氷冷する。
 5:12,000rpmで1min遠心し、上澄みを新しいチューブに移す。
 6:上澄みに1/10量のNaOAc、2.5倍量の99%エタノールを加えてボルテックスする。
 7:-20℃で20min、DNAを沈殿させる。
 8:4℃、14,000rpmで5min遠心し、上澄みを捨てる。
 9:200ulの70%エタノールでリンスした後、12,000rpmで1min遠心し、上澄みを捨てる。
10:真空乾燥を5min行い、50ulのTEを加えてボルテックスする。
11:スピンダウンの後、-20℃で保存する。

 操作1で半日ほどインキュベートし続けてもよいという情報がある。
 操作3、5のフェノールとクロロホルムは専用の廃液入れに捨てる。
 操作7は20min以上なら、いくらでもよい。
 抽出したDNAをシーケンサーにかける場合、フェノール抽出のときに、多少DNA溶液を回収しきれなくとも、
  フェノールやクロロホルムを絶対に吸い取らないことの方が大事かもしれない。
  おそらく残留したフェノールなどがDNAポリメラーゼを阻害するのだろうが、シーケンスの解読精度が下がる。
  シーケンスが読めないときは、フェノール抽出をやり直したら解決することもあった。

文責:T


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