Preparation of total RNA RNAの単離


・9cm plate (2-4枚)で増やしておいた線虫をM9 bufferで集める。
 
・DWで洗った後、できるだけ水分を取り除く。
 
・液体窒素を入れた乳鉢に線虫を入れて、すりつぶす。
 
・すりつぶした粉状の線虫をスパーテルですくいとり、1.5mlチューブに移 す。
 
・線虫250ulあたり750ulのTRIzolを加え、20℃で5分静置。
 
・線虫250ulあた り200ulのクロロホルムを加え、ゆっくり混ぜた後20℃で15分静置。
 
・13000rpm、4℃で15分遠 心。
 
・上層を新しいチューブに移し、線虫250ulあたり500ulのイソプロパノールを加えて 20℃で10分静置。
 
・13000rpm、4℃で10分遠 心。
 
・上清を捨てて75%エタノールで洗う。
 
・vortexをかけた後、7000rpm、4℃で5分遠心。
 
・上清を捨てて1時間ほど自然乾燥させる。
 
・DEPC waterに溶かした後、65℃で10分処理。
 
電気泳動
 TBE bufferでRNA用のアガロースを用いて行う。sample bufferもRNA用のもの。ただしこれらは全て組成は通常のものと同じ。
 
保存
 3倍量の99%エタノールを加え、-80℃で保存。
 
 これを再度使用する際にはエタノール沈殿を行う。
・1/10量の3M NaOACを加え、氷中で5〜10分静置。
・1400rpm、10分遠心。
 
・上清を捨てて5分ほど自然乾燥。
 
・20〜30ulのTEを加えて65℃で溶かす。
 
・試薬
 
 DEPC (diethyl pirocarbonate) treated water
滅菌DW 1l
DEPC 0.2ul
この後、滅菌
 
諸注意
 
 RNAの分解を防ぐため、使用するガラス器具や乳鉢は 乾熱滅菌器で滅菌する(180℃、2時間)。プラスチック器具はエタノールで滅ロ。操 作中は使い捨て手袋を着用し、サンプルに唾液などが入らないよう、なるべく話をし ないようにする。
 
 液体窒素の中で線虫を軽くつぶした後、液体窒素がな くなったら良くすりつぶす。最初から勢い良くすると線虫が飛び散ってしまうので注 意。これを何度か繰り返す。
 

 保存は2、3日ならばDEPC water中(-80℃)でもかまわない。

文責:ADA


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