宇宙の数少ない領地(全宇宙の５％くらい)にはサラミス＆マゼランが15機(通称無敵艦隊)ほど控えていて、艦長はジャミトフ(Z)、バスクオム(Z)、コーウェン(0083)、ヘンケン(Z)、シナプス(0083)、ワッケイン(初代)などといったかなり豪華なメンバーが陣取っているので多少のザクが来ても無傷で撃破できるのでほおっておき地上に投資。

「Ｖ作戦」が終了し、ブライト、アムロなどの独立部隊が登場。でもこの部隊は直接動かせなーいので無視して、別のホワイトベース隊を作成。編成はホワイトベース、ガンダム、ガンキャノン、ガンタンク×４機。めちゃ強。特にガンタンク。つえー。撃破されずにどんどん領地を奪っていく。でも他の地域は未だに「61式戦車」なので抑えるので精一杯。

そんな中、マチルダがブライト達に補給しに行きたいと言い出した。本編から考えると、ここでマチルダを行かせるともれなく死ぬので行かせない。するとブライト部隊撃破(人間はみんな脱出)。なんてこった。ジオン兵もガルマは死んだがそれ以降のランバラルや黒い三連星はピンピンしてる。やば。マチルダに死んでもらえば良かった。ブライト隊が撃破されたことで直接使えるようになったからまあいいか。いいか？第13独立部隊の撃沈

開発をしつつ、ガンダムをどんどん生産していく。つおいぞ。ガンダム８機くらい作ってるのに１機もやられてない。
でも敵も強豪ＭＳを作っていく。グフも余裕だったのだが、ドムはちょっと手強い。とかなんとかやってると宇宙にＭＡビグロとリックドムが出現。「あん？ビグロ？そんなもん過去６回ほどのジオンの進行を見事に無傷のまま、なぎ倒してきた無敵艦隊で葬ってやるぜー」とがんばると無敵艦隊がことごとくやられていくぅ。「あー、無敵艦隊がーーーーー、崩壊していくーーーー」しかしこんなこともあろうかと宇宙にもガンダムを３機作っていたので無敵艦隊全滅は間逃れ、無敵艦隊の半分が撃沈の被害で済んだ。無敵艦隊の崩壊

無敵艦隊が崩壊したころ地球ではほとんどの地域を奪い取り、残るはオデッサとキリマンジャロ。オデッサ作戦を実行し、塩沢(マ・クベ)指揮のオデッサを地球にいる全連邦戦力の半分を使って攻撃。２ターンくらいして連邦の誰かが「塩沢が水素爆弾を持ってる」とか言いやがるので爆弾排除部隊をひそかに派遣。そしてまたしばらくたつと塩沢が「レビル、兵を引かないと水爆発射するぞー」と言いやがった。しかもレビルが兵を引かないと勝手に決めやがった。ここで本編ならアムロが水爆ミサイルを破壊するのだが、アムロ隊はとっくに撃破されているのであてにならない。「おいおい、ここで水爆くらったらレビル将軍が死んでゲームオーバーが？今日１度もセーブしてないぞ」とか考えてるとさっきの爆弾排除部隊が成功したらしく塩沢の作戦は失敗。そのままオデッサとキリマンジャロを制覇して地球からジオン軍を一掃した。この時点で70ターンくらい。オデッサ作戦

ジオンはかなり戦力が少なくなっているので元無敵艦隊と地球からのガンダム部隊でどんどん宇宙も支配していく。
ドズルザビのビグザムでおなじみのソロモンには敵が７部隊しかいなかったので攻撃。攻めこむと突然ソーラーシステムによるソ−ラレイをやるとかいいやがる。そして撃つ。敵は７部隊しかいないので２，３機しか撃沈できずに、残りはガンダム隊で撃破。ビグザムも多少の被害はあったものの圧倒的勝利。この時点で80ターンくらい。ソロモン攻略戦

第一章では100ターン以内にギレンを倒さないといけないのだがまだ80ターンなので余裕で、ソロモンの勢いのままジオン最後の砦「宇宙要塞ア・バオアクー」へ突入。
お互いの兵力は連邦35部隊vsジオン38部隊。部隊数はほぼ同じだが、こっちはガンダム25機にホワイトベース5隻なので圧倒的にこっちが有利。
しかしここで異変。ア・バオアクーへ攻めこむとデギン皇帝が停戦条約を申し込みたいと言ってきた。本編だと停戦条約をしているデギンとレビル将軍がまとめてコロニーレーザーで殺されたし、サターン版でもここで停戦しようとするとまとめて殺されると聞いていたので停戦拒否。
拒否しても結局ギレンはコロニーレーザーを撃ってきやがった。しかも最悪なところに・・・・

このコロニーレーザーでホワイトベース3隻撃沈、ガンダム15機撃沈。なんてこった。しかもやられたパイロットはブライト、アムロ、セイラなど初代組全員とシナプス、バニング、モンシアなど0083組全員。痛い。痛すぎる。残ったホワイトベースちょっととガンダム数機は敵のリックドム２やゲルググやララアエルメスなどにギッタギッタ(ジャイアンの得意技)にされて5ターンもたずに全滅。「全滅だと？25機のガンダムがか？5ターンもたずに？」

かなりやばい。領地は9:1くらいの割合で勝っているのだが部隊数は93vs112で負けてる。しかも今の戦闘で宇宙でも使えるＭＳはほぼ全滅。連邦軍にはガンダム開発までの足止め役としておなじみだった戦車やら戦闘機の生き残りしかいない。
即ソロモンでガンダムを生産。その間にどんどんジオン軍が領地を増やしていく。１度ソロモンも攻められたが急ピッチで作ったガンダムで食いとめガンダム作りまくり。その間開発なんてストップ。資金はすべてガンダムへ。
90ターンを超えてしまい、時間がない。頭数が少ないと敵は攻めてくるのでガンダムの他にすぐできる戦闘機を大量生産。

94ターンになってしまったが、なんとかガンダムを20機ほど作り戦闘機20機を加えて再び「ア・バオアクー」へ。ここで負けたらもう勝てない。
今回はコロニーレーザーもなく、戦闘機を囮として使ったのでガンダム10機ほど残って辛くも勝利。この時点で97ターン。宇宙要塞ア・バオアクーの最後

ギレンを倒さないとダメなのにギレンがいるのはサイド３。サイド３を落とすのに残り3ターンじゃあ無理。諦めたその時、ギレンが来て停戦条約。時間があったら停戦せずにサイド３まで乗り込んだのだがそこまでする時間がないので承諾。