前作のあらすじ 1984年、30年ぶりの復活を果たしたゴジラは東京を火の海とした後、三原山にその巨体を封印された。　 しかし、そのときの戦いで新米自衛官・島津義雄は最愛の女性や仲間を多く失い、 いつか復活するかもしれないゴジラへの復讐を目論み、新設された特殊戦略自衛隊への編入を志願する。 それから20年、島津は第1特殊車両連隊の体調を勤め、副官の大野康隆や吉田美穂らと厳しい訓練の日々をすごしていた。 一方、アメリカ・カリフォルニア州でなぞの研究所爆発事件が発生。調査に乗り出したＣＩＡは、事件の容疑者と考えられる人物・レドリシア＝ガルドと、彼がその研究所に不正融資して極秘開発させた兵器・パンドラの存在を知る。 それは赤いゼリー状の物体で小さな球体で覆われ、地球上のあらゆる生物を取り込み、その細胞を元に怪獣を構成するという脅威の兵器であった。 ＣＩＡ は全力を持ってレドリシアの捜索に乗り出し、彼の姿を日本において発見する。 レドリシアは神の代理人を名乗り、イスラム原理主義者を利用してゴジラを復活させ、パンドラで作り出した怪獣とともに人類を攻撃させようと目論んでいたのだ。 ＣＩＡは日本の警官隊とともに三原山に仕掛けた爆弾の起爆スイッチを押す直前のイスラム原理主義者を射殺することに成功するが、レドリシアのとても人間とは考えられないような能力の前に敗退。 結局、レドリシアの手により起爆スイッチが押され、ゴジラは20年ぶりにその不気味な巨体を陽光の下にさらすことになった。 イスラム原理主義者によるゴジラ復活計画の情報を入手し、部隊を三原山に展開させた島津だったが、ゴジラの圧倒的な力の前に敗退、海へ逃亡するのを許してしまった。 再起を期し、基地へ撤退した島津だったが、彼に与えられた任務はもしものための待機、落ち込む島津に、大野と吉田は心配の色を隠せない。 そんな彼らの状況をよそに自衛隊は圧倒的兵力を動員し、ゴジラ殲滅作戦を実行に移すが、それを凌駕するゴジラの力の前に、次々と防衛線が突破されていく。 そんな中、特殊戦略自衛隊幕僚長の北条はまだ実験段階の兵器・スーパーＸ２の出撃を志願、対面を気にし、許可を渋る総司令官の細川の意見を押し切り、島津・大野・吉田の3人をパイロットに指名し、ゴジラ殲滅に出撃させる。 そうした中、ゴジラは横浜の都市を次々と破壊していた。 そこへレドリシアが現れ、ゴジラにテレパシーを送る。 実はゴジラはレドリシアの意思どおりに活動していなかったのだ。 指示を出すうちにゴジラは意識を持たず、ただその破壊衝動に駆られるまま暴れていると判断したレドリシアは、ゴジラのコントロールを断念、逆に自らの計画の障害となった黒い巨体の排除を企図し、パンドラで創造した怪獣・イクセシリオンを出現させる。 ゴジラに襲い掛かるイクセシリオンだったがその力の前にねじ伏せられ、ゴジラは川崎市へと入る。 横浜と同様、火の海に変えようと暴走するゴジラだったが、そこにスーパーＸ２が出現した。 島津の指揮下、大野の操作技術と吉田の作戦がひかり、ゴジラをじりじりと追い詰めていく。 しかし、彼らが気を緩めた一瞬の隙をついてゴジラの放射熱線が掠め、スーパーＸ2は飛行不能に陥ってしまう。 ところが止めを刺そうとするゴジラの前に、パンドラによって強化されたイクセシリオンが再び姿を現した。 ゴジラとイクセシリオンは再びぶつかり、一進一退の攻防戦が始まる。 その間にスーパーＸ２を終えた島津たちは再び出撃、組み合う二大怪獣に向け渾身の攻撃を掛ける。 しかし、狡猾にもゴジラはイクセシリオンを盾に攻撃を防ぎ、止めとばかりに熱線を発射、イクセシリオンの赤い巨体は灰と消えた。 恐怖さえ抱くゴジラの威容と圧倒的な力を前にもはや呆然とするしかなくなった島津たちであったが、一方のゴジラもイクセシリオンとの戦いの中で深手を負い、海中への逃亡を余儀なくされる状態であった。 こうして人類とゴジラの決戦は一時先延ばしとなり、陰で暗躍していたレドリシアも姿を消した。 こうして一瞬の平和を手にした人類だったが…