宇宙暦１０９年、
人類は戦闘種族ゼントラーディと遭遇、
人類史上初の宇宙戦争に突入した。
この戦いは、ゼントラーディの一部との
和解が成立したことにより、
敵艦隊の撃滅に成功し、終結する。
しかし戦火は地上にもおよび、地球は荒廃した。

地球統合政府はゼントラーディの協力のもと
地球再生計画を開始、
それまで進めていた人々の
スペースコロニーへの移住を加速させ、
さらにゼントラーディから得た超空間航法による、
太陽系外への植民計画をも進めていった。

しかし地球環境が回復しはじめると、
政府関係者や特権階級の人々を中心に
地球回帰運動が起こり、
再び地上の人口は増加し始めた。

宇宙暦１２３年、
無限エネルギーと期待された
ゲッター線の月面研究施設に、
突如として、インベーダーと呼ばれる怪物が出現。
地球統合軍は激しい戦いの末、
インベーダーを壊滅させた。
この戦いでいくつものコロニーが被害を受けたが、
統合政府はそれらの人々に対し、
なんらの保護政策も行わなかった。

このインベーダー戦争で被害を受けた
コロニー群サイド３は、宇宙暦１２９年に
ジオン公国を名乗り独立を宣言。
宇宙移民者をかえりみない統合政府に対し
独立戦争を挑むが、
国力に劣るジオン公国は敗北する。

宇宙暦１３３年、
ゲッター線研究の第一人者であった早乙女博士が、
突然人類に対し反乱。
“早乙女の反乱”は、その中心地を
統合軍が重陽子ミサイルで
爆撃したことで終結するが、
その結果、地上にゲッター線汚染が広がり、
壊滅したはずのインベーダーが
地上に出現するようになってしまう。

これら一連の出来事により、
統合政府と宇宙移民者の対立は
深刻なものとなっていき、
ついに１３７年〜１３８年にかけて争いが表面化。
統合軍の内部分裂や、小惑星アクシズを
拠点とするジオン残党軍との戦いで、
統合軍は弱体化。
欧州の特権階級集団ロームフェラ財団の
協力を得て、軍の再編を急いだ。

宇宙暦１４５年、
ロームフェラ財団が統合軍内部に結成した
秘密組織ＯＺによって軍事クーデターが発生。
統合政府は倒れ、地球圏統一政府が成立。
一方宇宙でも、この混乱に乗じて
コロニー群が自治独立を求める動きが活発化。
サイド２でザンスカール帝国、
サイド３でネオ・ジオンが建国を宣言、
地球圏は宇宙戦国時代へと突入した。

そして・・・
ネオ・ジオン軍による
小惑星アクシズの地球落下作戦の最中、
全人類が驚愕する出来事が起こるのである・・・。