Stage 1 ：絶滅動物をつかまえろ！
バーチャルプログラムで４５０万年前の世界に入った唯。
怪我をしたヘミキオンの子供を手当しようとして、噛まれてしまう。
手当の途中でバーチャルステーションに戻されてしまった唯は、
オペレーターである虎哲に無断で仲間のアキラの助けを借りて
再びバーチャル世界に入った。
Stage 2 ：仮想進化の世界へ
手当を終え帰ろうとする唯。ところが、アキラのオペレートが効かない。
アキラはプログラムの中の時間を現在まで進めてみたが、
唯がたどり着いたのは不思議な生物が住む謎の世界だった。
虎哲の助けを借りて急いで唯を戻そうとしているとき、
唯の前に何かが現れた！
Stage 3 ：謎の生物 あらわる！
唯の前に現れた謎の生物は親しくなろうとする唯に急に怒り、
襲いかかってくる。必死に逃げる唯。
偶然見つけた地下の道に逃げ込むと、そこはパック・ロブという猫のような生き物の住みかだった。
どんなものとも話せるという不思議な能力を持つ彼は、謎の生物が「プグラシュティク」という地底人であることや、自分も彼らに追われていることを告げる。
と、そこにプグラシュティクたちが現れた！
Stage 4 ：パックからのＳ・Ｏ・Ｓ
間一髪プグラシュティクの攻撃を逃れ、バーチャルステーションに戻った唯。
虎哲は彼らがプログラムの中で進化した架空の生物だと判断し、システムを閉じようとする。
しかし制御が効かない。
そこにパックからのＳＯＳが届く。パックは彼らに捕らえられてしまったのだ。
唯はパックを助けるため、そして制御が効かない原因を掴むために再びバーチャル世界に入った。
パックの救出には成功するが、今度は三人のプグラシュティクたちがバーチャルプログラムに進入してくるのだった。
Stage 5 ：バーチャル世界に異変あり
バーチャルプログラムは暴走し、プログラム内で起こったことが全て現実に影響するようになってしまった。バーチャル世界への出入りも唯しか出来なくなる。
唯とパックはプグラシュティクの侵入した時代に飛ぶが、モンゴロイドたちに捕まってしまう。パックが縄を切ろうとしている時にプグラシュティクが襲撃してきた。
一人のモンゴロイドがアームに捕まっているのを見て、アキラの薦めで唯はタイムブースターを発動させる。
物を投げようとするが、小石が持ち上がらない。
Stage 6 ：プグラシュティクの企み
直接アームを押す唯。アームは壊れモンゴロイドは救出された。
プグラシュティクたちは退き、一転して崇められる唯。
モンゴロイドたちの狩りについていくが、そこに再びプグラシュティクが現れモンゴロイドの血液を採取する。
モンゴロイドの反撃にプグラシュティクの一人がタールピットに飲まれた。
唯はその一人の遺伝子を採取し、一旦バーチャルステーションに戻る。
その間にプグラシュティクの三人組は４万年前の世界各地で様々な人種の血液を集め、
その後４万年前のシベリアでクロマニヨン人とネアンデルタール人を観察するのだった。それを見ていた虎哲は「奴らが何処に行こうとしているか分かった」と告げる。
Stage 7 ：ミトコンドリア・イヴを守れ！
プグラシュティクは２５万年前のアフリカにいる全人類の母：ミトコンドリア・イブを狙っている、と虎哲は予測。唯とパックは４万年前のシベリアへ行き、遺伝子の収集を阻止しようとする。
マンモスを襲う人間たちの一人を捕らえ、血液を採取するプグラシュティク。唯はヴァンパイアを使いそのプグラシュティクを気絶させるが、別の一人が唯に迫る。そこはパックの機転で何とか逃げることが出来た。
しかし、次にプグラシュティクはイヴのいる２５万年前のエチオピアに現れる。異変に気付き逃げるイヴたち。彼女を追うプグラシュティク達をくい止めようとする唯。すでに遺伝情報をつかんだ一人は虎哲が飛ばし、一人はタイムブースターで撃退。
だが、後の一人がイヴに追いついてしまう。イヴに向かってドリルが突き出された！！
Stage 8 ：人類の起源へ
プグラシュティクによってイヴは殺されてしまった。しかし、消えるはずの人類が消滅した気配は無く、その理由も分からない。一方、遺伝子に細工をしたらしく遺伝情報をつかんでいたプグラシュティクの居所が感知できなくなった。
虎哲はプグラシュティクが次に狙うのは人類の祖先が類人猿の先祖と枝分かれする辺りと読んで、イヴ達の遺伝情報をたよりに３５０万年前のエチオピアに唯達を飛ばす。
唯はお目当ての猿人を追う間にパックとはぐれてしまう。そのときヒヒに襲われるが、２本足で立つ大きな猿のような生き物に助けられる。そのお腹にはパックがくくりつけられていた。
Stage 9 ：発見！プグラシュティクの弱点
パックを捕らえていたのは猿から別れて人への一歩を踏み出した猿人、アウストラロピテクスだった。遊ばれるパック。猿人の言語を読みとり自分を離すようにいうが、猿人は聞かない。
唯がタイムブースターを使おうとした時プグラシュティクのメカが現れた。集まってくる猿人たち。しかしメカから降り立った三人は何もせず立ち去る（この時一人が唯が落としたボンベを拾うが、唯たちは気付かない）。
メカの残した大穴には磁鉄鉱の層が見えた。磁気感覚が発達している彼らは強い天然の磁場で気分が悪くなったらしい。磁場がプグラシュティクの弱点の様だ。
一方、猿人は恋人に言われてパックを開放する。唯は猿人たちに「あなたたちを助けに来た」と告げるが、「助ける」の概念が理解できない猿人たち。唯たちは自分たちだけである作戦を実行に移すことにした。
Stage 10 ：決死の爆破作戦
虎哲の立てた作戦とは、バッテリーパックを小型爆弾に改造し、タイムブースターでプグラシュティクのメカに近づき、目の前に置いて踏ませるというものだった。
しかし改造している最中、プグラシュティクの襲撃により一匹の猿人が殺されてしまう。その恋人の猿人は深く悲しみ、結果、猿人たちの協力を得ることができて全ての準備は完了した。
その夜再び襲撃してきたプグラシュティク。唯はパックにおとりとなってもらい作戦を実行する。闇夜をさく閃光。その中から無傷で現れ向かってくるメカに、唯は立ちすくむ。だが、メカは火花を散らして止まり、プグラシュティクたちは退散していった。猿人・アウストラロピテクスは、唯たちによって守られたのだ。
後日、新しい恋人と楽しそうに過ごす猿人をみて唯はつぶやく。「新しいファミリーか。もしかしたら私たちは彼女たちの子孫なのかもしれないね。」
ＤＦＣ副会長