| 舞台は惑星Ｚｉ（ズィー） |
古代の優れた文明が崩壊した砂漠広がる惑星。そこにはゾイドという機械生命体が存在した。
現在この星は、ガイロス帝国とへリック共和国の２つの勢力が地上を治め互いに牽制しあっていた。
ゾイドは戦争の重要な兵器としても利用されていた。
共和国には、砂漠に点在するオアシスに集落（コロニー)を構えて住む人々が多い。
| 少年と銀色のゾイドとの出逢い |
そのうちの１つ、ウインドコロニーに住んでいるバン・フライハイトは、
１４歳の元気で冒険心溢れた少年。ゾイド乗りだった父に憧れ、父のようなゾイド乗りになるのが夢。
ある日、砂漠の探検に出かけたバンは、野性ゾイドのガイザック（実は人間が乗り込んでいた)に襲われていた。
何とか遺跡に逃げこんだバンは、ガイザックが体当たりしたために露になった隠し部屋を見つける。
そこには卵のようなカプセル(ゾイドエッグ)が２つあり、その一つから体長２ｍほどの銀色のゾイドが生まれた。
最初はバンを警戒して攻撃的だった銀色のゾイドだが、さらに襲ってきたガイザックから
自分を守ろうとするバンの姿に心を開く。
銀色のゾイドは、バンを背中に乗せ遺跡を脱出し、砂漠で朽ち果てていたゾイド、シールドライガーのコクピットに
バンを座らせ、自分は光の塊となってシールドライガーに入り込んだ。
するとシールドライガーが息を吹き返し、ガイザックの撃退に成功。
バンは、銀色のゾイドにジークと名づけ、晴れて２人（１人と１匹)は相棒に。
| 少年の旅立ち |
さらに遺跡には一つのカプセルが眠っており、『ジークの兄弟ゾイドか!?』という期待は外れ、
その中には少女が眠っていた。
目覚めた少女は自分の事を含め記憶を持っていなかった。会話の中で少女の口から出て来たフィーネという言葉をバンは少女に名づけた。
ジークと（フィーネ)を連れてウインドコロニーに帰ったバンは、姉・マリアに一緒に暮らせるように説得。
許しを貰ったバンは、お世話になっている神父と長老に挨拶をしてから、ジークとフィーネを連れてコロニー周辺を案内する。
その頃、遺跡でバンを襲ったガイザックにのっていた盗賊団(デザルトアルコバレーノ)は、
ジークに目を付け、奪うためにコロニーを襲撃。
ジークの存在を知っていたマリアは攫われ、交換条件にジークを要求した。
戻ってきたバンが事態を知り飛び出してしまうのを引き止め、長老と神父はジークを連れて指定の場所へ。
盗賊が素直にマリアを返す訳が無いと読んでいたバンは、縛られた縄から何とか抜け出し、シールドライガーで後を追う。
人質の交換は、やはり盗賊が素直にマリアを引き渡さずジークまでも奪われそうになる。
その時やっと追いついたバンは、何とか無事に２人を取り戻し、
ジークがシールドライガーに乗り移って力を発揮し、盗賊団を撃退する。
このままコロニーにいてはジークを狙う盗賊がまた襲ってくる事を感じたバンは、ジークとフィーネを連れて
旅に出る。遺跡生まれで記憶の無いフィーネの記憶を取り戻すため、各地の遺跡を巡る旅に。
| ゾイドって何だ？ |
以前の文明『古代ゾイド人』の遺産と思われる。
ゾイドは各々意志を持つ。
特にジークのようなオーガノイドと呼ばれるゾイドは、思考能力が高く、
他のゾイドに乗り移りその能力を引き上げる事ができるなど、特殊な能力がある。
ゾイドには治癒能力もあり、少しくらいの怪我なら時が経てば治る。
しかし、体内にあるゾイドコアを破壊されるとその命は尽きる。
