ROCKMAN3 〜Dr.ワイリーの最期！？〜
１９９０年９月２８発売
（この作品はたいていのボスキャラにそのボス自身の特殊武器が効きますが、ここでは当てたときのダメージが一番高いものを弱点武器とさせていただきます。）
D.W.N.017 ニードルマン
特殊武器：ニードルキャノン
弱点武器：ジェミニレーザー
D.W.N.018 マグネットマン
特殊武器：マグネットミサイル
弱点武器：スパークショック、シャドーブレード
D.W.N.019 ジェミニマン
特殊武器：ジェミニレーザー
弱点武器：サーチスネーク
D.W.N.020 ハードマン
特殊武器：ハードナックル
弱点武器：マグネットミサイル
D.W.N.021 タップマン
特殊武器：タップスピン
弱点武器：ハードナックル
D.W.N.022 スネークマン
特殊武器：サーチスネーク
弱点武器：ニードルキャノン
D.W.N.023 スパークマン
特殊武器：スパークショック
弱点武器：シャドーブレード
D.W.N.024 シャドーマン
特殊武器：シャドーブレード
弱点武器：タップスピン
ドクロボットＫ-176（以下元ボス名で表記、取得武器はなし。）
エアーマン
弱点武器：スパークショック
クラッシュマン
弱点武器：ハードナックル
メタルマン
弱点武器：マグネットミサイル
クイックマン
弱点武器：ジェミニレーザー
ウッドマン
弱点武器：サーチスネーク
ヒートマン
弱点武器：タップスピン
フラッシュマン
弱点武器：ニードルキャノン
バブルマン
弱点武器：シャドーブレード
ワイリーステージボス（取得武器なし）
カメゴローメーカー
弱点武器：タップスピン
イエローデビルmk-2
弱点武器：ハードナックル
ホログラフロックマンズ
弱点武器：ハードナックル（ダメージ量で推定）
ワイリーマシーン３号
弱点武器：（第１形態）ハードナックル、スパークショック
（第２形態）ハードナックル
ガンマ
弱点武器：（第１形態）ハードナックル
（第２形態）タップスピン