ミッションモードとは、連邦、ジオンどちらかの軍の独立部隊として、１年戦争を戦い抜いて行くモードです。 アーケードモードと違い、出撃ごとに部隊に配備されているモビルスーツを乗り換えることができます。 さらに、出撃するごとに配備されているモビルスーツは消耗し、耐久力が自動的に減らされます。 （詳細はデータ集参照）