巨大企業アンブレラ・コーポレイションが地中深くに作り上げた秘密の研究所〈ハイブ〉で、開発中のウイルスが漏れる事件が発生。鳴り響く非常警報遮断、される通路噴射されるハロンガスにまかれ、人々はばたばたと息絶えていった。一方古風な洋館で目覚めたアリスは自分の記憶が失われていることにきずく。突如侵入してきた特殊部隊に拉致され、ハイブに侵入するアリスを待ち受けている恐るべき陰謀とは・・・・。
平凡な高校生、ピーター・パーカーは、ある日遺伝子操作されたクモに噛まれたことから、スパイダーマンとしての超人的な能力を手に入れる。指先だけで壁をよじ登り、クモ糸を使いビルからビルへと飛び移る・・・・・・。そのあまりにも強大な力に戸惑うピーターだか、やがて世界の平和が彼の力にかかってるという事実に直面する。彼は殺人鬼グリーン・ゴブリンとの対決を決意するが―。