ANEX86はNECのPC-98X1エミュレータではなく、EPSONのPC-X86エミュレータです。そしてNECのソフトの中にはEPSONのマシンで動作しないようにプロテクトがかかっているものがあります。なのでそういうソフトを動かしたい場合はプロテクトをはずしてやらないといけません。ディスクイメージ変換ツールのVFICはDISPELL!を組み込むことでFDI変換時に自動的にプロテクトをはずすことができて便利です。
このページでは実機のフォントを使っていますが、それがなくても多分大丈夫です。
ANEX86がバージョンアップしたときには変更点がよくわからないみたいなので、とりあえずハードディスクイメージ等のバックアップをとっておいて試してみるといいかもしれません。