(1)利点
A.HDD容量の節約
　通常のクリーンインストールと比べると100M近く節約できます。
　（インストール時に予めコピーしておいたファイルは不要ですので消しましょう。）
　ハイバネを使わないのであれば「ポータブル」でWin98をインストールすることで更に100M少々の節約も可。
B.起動時間の短縮
　劇的に短縮される訳ではありませんが、普通にインストールした時よりも速くなります。
C.エクスプローラの軽量化
　好みが分れるところですが、エクスプローラの起動にストレスを感じることは無くなります。
D.アプリケーションの起動時間の短縮
　これも劇的に速くなる訳ではありませんが、IEなんかが常に居座らないので快適になります。

(2)弊害
A.システムやネットワークのプロパティ呼び出しが面倒になる
　普通はデスクトップのアイコンを右クリしてプロパティを出しますがこれができなくなります。
　（頻繁に使うことの無い機能ですので、さほど不便ではないと個人的には納得しています。）
B.クイック起動バーが使えなくなる
　タスクバー左のアイコンが表示されなくなります。
C.Windows Updateが使えなくなる
D.エクスプローラがIEでなくなる
　これは弊害どころか承知の上での結果なんですが、敢えて弊害として上げておきます。

(3)Tips
これはどちらにも属さない嗜好の問題になりますが、98Liteを導入するとWindowsの起動と終了の画面が98Liteオリジナルに変更されます。 もし、これが気に入らずM3標準の画面がいいようでしたらCドライブのルートにあるLOGO.SYSと\WindowsにあるLOGOW.SYSを予めバックアップしておくことをお勧めします。
インストールが完了したら、これらのファイルを置換えれば元通りの画面に戻ります。

この他に何か判明したことがありましたら教えて下さい。
（個人的な嗜好の問題は別として・・・）