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キャラクター紹介
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| No.1
| 雷電（ジャック）
| ＦＯＸＨＯＵＮＤＯ現隊員、数々のＶＲ訓練を受けているため、戦闘能力は高い。
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| No.2
| オタコン（ハル・エメリッヒ）
| スネーク相棒、現在は反メタルギア活動をしている。
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| No.3
| エマ・エメリッヒ・ダンジガー（Ｅ、Ｅ）
| オタコンの妹、コンピュータ分野の天才、水が大嫌い＆ムシも嫌い。
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| No.4
| 大佐
| ＦＯＸＨＯＵＮＯの作戦司令官。最後のほうに壊れます。
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| No.5
| ローズマリー
| 雷電の恋人、今回の作戦のオペレーターを勤める。
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| No.6
| ファットマン
| 元デッドセルの一員。１０歳の時に爆弾を組み立てたこともある。
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| No.7
| フォーチュン（クィーン）
| 幸運の女神、元対テロ訓練部隊デッドセルのリーター。
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| No.8
| ヴァンプ
| ルーマニア生まれのナイフ使い、水の上を走ります。
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| No.9
| ソリダス・スネーク
| ソリッド、リキッドに次ぐ３人目のスネーク。
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| No.10
| 忍者
| ミスターＸと名乗る謎の人物？
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| No.11
| ピーター・スティルマン
| 海軍爆発兵器処理学校の教官。ハゲ。
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| No.12
| 大統領（ジェームズ・ジョンソン）
| 現アメリカ合衆国大統領。ニキータで殺すのが最高です。
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| No.13
| 天狗兵
| そこらへんのゴルルコ兵よりか強いです。Ｐ９０を使います。
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| No.14
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| No.15
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