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UD関係のいい加減な意訳集へ（Thinkってなに？　Cancer Research Project）

　注意：このページはhttp://www.chem.ox.ac.uk/cancer/molecules.htmlの主要な部分を個人的な目的でテキトウに意訳したモノであり何か問題がありましてもいっさい関知致しません。ご了承下さい。 リンクは直リンクになってます(^^;。

　ご意見、ご指摘等ありましたらこちらまでお願いします。

分子について

News ２００１年５月２日

私たちは、今週改訂された構成を使用することを希望します。およそ3500万の薬のような分子がダウンロードされ、とそれぞれの分子について100の誘導体(つまり合計3兆5000億の分子)とともに。これは、フィードバックされた日付と解析結果を検討したことによるソフトウェアの改訂です。ほとんど最小のconformer立体構造（配座）の結果から、ワークユニット当たり200の分子と分子あたり100の誘導体を処理することにしました。異常に長くかかるすべてのワークユニットについて再調査を計画しています。(たぶん新しいより速いバージョンのTHINK v1.11あるいはv1.12になってからの話−詳しい情報はニュースセクションで）でこれらを繰り返すことを計画します。そうすることによって、私たちは、追加の面白い分子を見つけるのと同様に方法論を改善することができるでしょう。

全ての分子は既に作られているモノですか？

いいえ。250万のスタート分子は、営利上利用可能で、適切な分子を含んでいます。しかし、これは約40万だけです。その他の210万種の分子は約20の十分に整備されたコンビナトリアルケミストリーのライブラリからのものです。

どのように適切な分子を決めたのですか？

私たちは、薬らしくない性質−たとえば可溶でないとか反応性が高いとか、容易に変化しちゃうもの−を持った分子を除去しようと試みました。その結果、約600万の候補分子から250万個に絞りました。

図　コンビナトリアル分子の例―この分子は商用に使われている化学物質ではありません。しかし、万一それがターゲットタンパク質とinteractする特性を持っていた場合は、さらに調査されるでしょう。

１Workunitで何コの分子が処理されるの？

100コの分子をダウンロードします。ソフトウェアは、それぞれの分子につき100の適切な誘導体−元の分子をちょこっとだけ変えた分子−を生成することを試みます。１ワークユニット当たり最大10,100の分子を処理します。したがって、250万のスタート分子は、私たちが2億5000万の分子を処理することを意味します。

すべての分子は固有のものですか？

分子の商用カタログを処理したとき、私たちは重複を除去しました。しかし、異なる分子からの誘導体のうちのいくつかが同じになるだろうことはありえます。このプロジェクトの科学的な出版物は、overlapの統計予測を含むでしょう。

分子カタログの提供者

いくつかの組織は、このプロジェクトのために寛大に彼らの収集した化学データや分子カタログを寄付してくれました。

寄付してくれたのはこれらの組織です
Asinex; ChemBridge, ComGenex, Contact Services (now known in the USA as ChemDiv Inc.), Maybridge , and Oxford Molecular's HTS Database (sourced from Bionet, ChemStar, Labotest, Orion, Sigma-Aldrich, Specs & Biospecs and TRG)

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