劇場版　「遊戯王　THE DARK SIDE OF DIMENSIONS」あらすじ

　＊頭の整理にストーリーをまとめてみました。一度観ただけなので記憶違い・思い違いの可能性があります。

古代エジプトの「千年アイテム」を巡る件が落着したあと、高校卒業を間近に控えた武藤遊戯（表遊戯）は仲間と共に平穏な生活を送っていた。
他方、海馬コーポレーション社長の海馬瀬人はファラオ＝アテム（闇遊戯）に再戦を挑んで雪辱を果たすべく、脳内の記憶を元に仮想現実として出現させたアテムとデュエルを行って勝利するが、これに飽き足らずに「千年パズル」の力でアテムを冥界から喚び戻すことをもくろむ。

遊戯達のクラスメートとして登場した藍神（本名はディーヴァ）は「千年アイテム」の一つと思しきキューブを所有し、彼の仲間達と共に、敵対する者を消滅させる（異次元へ飛ばす）力をもつ。
海馬コーポレーションがエジプトの葬祭殿跡で分解した千年パズルを発見した直後、藍神が妨害に現れ、対立した海馬社長との間で敗者には制裁が加えられる「次元領域デュエル」が開始される。
リリース無しで高レベルモンスターを召喚可能、そのステータスは（気力に応じて）任意に設定可能で、モンスターが破壊されるとステータス分のダメージを負う、しかし戦闘ダメージは無し、という特殊ルール。
強力なドラゴンを召喚しながらも「方界」カードを使った藍神の戦術に追い込まれた海馬は、土壇場で入手した「オベリスクの巨神兵」を召喚し、敵を倒す。

敗れた藍神はパズルを奪おうとして失敗、代わりに２個のパーツを偽物とすり替えて去る。このうち１個は藍神の、もう１個は彼の妹セラの保管するところとなるが、兄の暴走を危惧した彼女は後にパズルパーツを遊戯に託す。
藍神らはシャーディー・シンの教えに従うプラナと呼ばれる子供達で、選ばれたものとしていずれ高次の次元に到達しそこを理想的な世界とするつもりでいる。その過程に「千年アイテム」が必要となる関係から、アテムの魂が現世に戻ってきては都合が悪いようだ。
また、シャーディーは邪悪な意志を内包した「千年リング」が操る獏良了の手により殺害されていたと判明。藍神は復讐目的で獏良に接近し、止めに入った城野内克也を隔離された異次元に飛ばしてしまう。
藍神の復讐心は許しを請う相手の涙に揺らぐが、結局獏良は行方知れずに。城野内はその後生還するのだが、彼は飛ばされた世界でアテムを見たらしい。

千年パズルを組み立て、パーツが足りないことに気付いた海馬は、新型デュエルディスクの発表に連動してデュエル大会を開催し、参加者の藍神と遊戯を倒してパズルパーツを入手しようと（多分最終的にはアテムを呼び出して公開デュエルに持ち込もうと）計画。ところが遊戯が獏良奪回のために藍神と闘うことを主張し、まずは２人の間でデュエル、となる。
対戦中に藍神はプラナ達の過去を語り高次の世界へと勧誘するが、現在の次元を不完全と認めながらも肯定する遊戯はこれを断り、デュエルを続ける。遊戯も相手モンスターの攻撃と効果を封じてくる「方界」デッキに苦しめられるが、罠カードを使ったコンボを決めて逆転勝利する。藍神が敗れたため、彼に消された人々は戻ってくる。
続いて海馬と遊戯の対戦に。ブルーアイズ系統のドラゴンを次々に召喚する海馬に対し、遊戯はマジシャン等の混成デッキで対抗する。
デュエルの途中で遊戯はパズルを完成させるが、アテムは現れない。
互いの得意戦術の応酬が続き、最終的に遊戯の攻撃が通れば決着がつく、というところで千年リングの邪念によって怪物化した藍神が乱入してくる。

今度は海馬と遊戯が組んで藍神と戦うことに。「次元領域デュエル」であるため、攻撃を受けてLPを失う毎に二人とも現実にダメージを被っていく。先に海馬が遊戯を庇う形で消滅し、残った遊戯も力尽きかけた時、アテムが現れてデュエルを引き取り藍神を破る。藍神は邪悪な力から解放され、海馬たちも無事に帰還。

童実野高校の面々は卒業の日を迎え、予てからの計画通りダンス留学に出発する真崎杏子を遊戯達は快く送り出す。
その後あくまで雪辱戦を望む海馬は、藍神のアイテムの力をヒントに新技術を開発し、危険を冒してライバルの存在する次元にたどり着く。