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ペンギンは、ペンギン科「Ｓｐｈｅｎｉｓｃｉｄａｅ」に属する。 ｓｐｈｅｎは、ギリシャ語の「くさび」の意味で、ペンギンの泳いでいるときの姿に由来している。 　ペンギンは６つの属に分けられ、それぞれの属には、１つ以上の種が含まれている。 種の中にはまた、「亜種」が含まれることがある。 「亜種」とは、同じ種の中で、明らかに形態的にちがう特徴が見られるモノのことである。 ペンギンでは、とくにマカロニペンギン属とコガタペンギン属の中で、亜種なのか全くの別種かの議論が続いているモノがある。