お寺のある村は、松江古墳郡（古墳時代後期一三〇〇〜一四〇〇年前のもの）や丸塚古墳郡（古墳後期）にかこまれた、山間の小さな村に治承四年（一一八〇）最勝金剛院（東寺）領とされ、真言宗東寺派の大本山京都東寺の荘園でした。その時代より真言宗の本尊である薬師如来が伝えられています。そのとき以来、妙田寺はこの地区一体の最古の寺院となりました。現在、日蓮宗　土肥　清雲寺末　本尊　十界曼陀羅を拝しております。始め真言宗であったのを、日調上人（文亀元年寂）により改宗いたしました。寺に古仏あり、境内に清正公堂など諸堂ありと古記録にはありますが、残念ながら幕末、浮浪乞食の失火に依り、その面影はありません。

ご先祖様の供養のため、ご自分の開運と諸願成就を法華経守護の祈祷本尊鬼子母大尊神、開運北辰妙見大菩薩、大黒尊天の御宝前にて、秘妙五段修法のご祈祷を致します。地鎮祭、方除け、家祈祷などの、ご祈祷にもお伺いいたします。

地鎮祭、方位除、厄除開運、六三除、交通安全、病気平癒、商売繁盛、良縁成就、安産祈願（秘伝腹帯授与）、海上安全、 大漁祈願、等のご祈祷随時お受けいたします。

地鎮祭の様子。家を新しく建てるときは地鎮祭が大切です。当山では、このように地鎮祭を行います。

毎年1月12日に当山に於いて、新春厄除開運祈祷会、大黒天神祭が行われます。開運を願う多勢の壇信徒でにぎわい、祈祷お祓い祈願の後新年会を行い楽しい一時を過ごしましょう。