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左の写真はコケの中でももっともストロングなふさふさしたコケに覆われて無残にも枯れる寸前のアヌビアス・ナナです。ここまで来ると手じゃ取れないし、エビもオトシンクルスも食べてくれない。コケ除去剤も効き目無し。コケはとにかく発生させない事。発生したらできるだけ早く、そしてまめに取り除く事、これが基本です。
コケといっても何種類かあって、たいしたことない種類から、もうお手上げの種類までありますよね。
戦いはまず敵を知ることから！

茶色い綿状のコケ	水槽をセットした直後などで、生物ろ過が正常に働いていないときに発生します生物ろ過が順調に働き出すと自然に少なくなりますが、生き物で取り除くとしたらオトシンクルスが有効です。これはコケの中では序の口で、たいしたことないです
糸状の緑藻	アオミドロに代表されるグループです。茶色いコケが減ってきた頃から姿をあらわす事があります。こいつらはエアーポンプのチューブで水を吸い出し、掃除機の要領で吸い出してしまえばよいです。あとはブラシなどで絡めとってもよいでしょう。生き物で取り除くならブラックモーリーなどの胎生めだかがいいですが、この類の魚は何匹か入れておくときりなく増える事があるので注意が必要です。
斑点状の緑藻	ガラスの面などに丸くくっつきます。これを取るには市販のこけとり道具を使ってもよいのですが、実はアクリル製の定規が便利です。大量についているときは定規ではがしたクズが水中にばら撒かれて見苦しい上に、他のところに移りやすくなるのでチューブなどで吸い出しながらやるといいでしょう。生き物で取り除くならサイアミーズフライングフォックスがいいでしょう。意外に固いコケなのでオトシンクルスでは力不足です。しかし、サイアミーズフライングフォックスは見かけによらずでかくなるので注意が必要です。他の魚にはまったく無関心な魚です。また、「サイアミーズフライングフォックス」と「フライングフォックス」は別の魚であり、こけとりに有効なのはサイアミーズの方です。
ヒゲ状のコケ	水槽をセットしてある程度たち、落ち着いてきた頃に発生する困り者です。石や流木などにくっつきます。歯ブラシなどで擦り取ります。フライングフォックスが有効です。
ノリ状に発生するこけ水草の表面にくっつく細かな糸状のこけ	これらは、ろ過槽などの汚れ、つまり何らかのトラブル時に発生します。すごい勢いで発生し始めたときは、一度水槽の大掃除をする事をすすめます。また、アヌビアスナナなどの葉の表面についたときは、薄めた食酢か木酢を縫って、少ししてから水でよく洗い落としておくと、枯れて取れてしまいます。

コケを食べてくれる生き物といえば誰でもまっさきに思い浮かべるのはヤマトヌマエビでしょう。たしかに、こけとり屋さんとして広まっていますし、その効果もなかなかです。しかしコケの種類によってもっと効果的な生き物もいるのです。

＊匹数は６０センチ水槽に入れる目安です。

種類	匹数	効果
ヤマトヌマエビ	20～30	綿状の珪藻から糸状の緑藻まで幅広くカバー！しかし、あの小さな手でつまんで食べるわけですからかなりの数入れないと実用的な効果は望めませんちなみに水槽内での繁殖は不可能です。また水質、酸欠に敏感なので注意が必要です。さらに、トニナなどの葉がやわらかい水草や、浮き草の一部はコケより先に食べられてしまいます
ブラックモーリー	１	アオミドロや、ノリ状の藍藻に有効です。なんで一匹にしてあるかというと、何匹も入れると増えるからなんですね。
サイアミーズフライングフォックス	１～2	ヒゲ状の藍藻、糸状を除く緑藻に有効。ちょこまかとよく動くので一度入れてしまうとなかなか外に出せません。硬いコケでもけっこう食べます。
オトシンクルス	５～10	茶ゴケに有効。しかし入荷状態が悪く、落とす事も多いです。くわしくは「種類別魚の飼い方」のページを参照してください。

アルジーイータ、やプレコもこけとりとして有名ですが、アルジイーターはかなり大きくなり、稚魚のときしかコケを食べませんし、プレコも大きくなる上に柔らかい水草は食べてしまうのでこけとり用としてはお勧めできません。

またビーシュリンプやミナミヌマエビ、クリスタルレッドシュリンプなど、ヤマトヌマエビ以外のエビが最近では手に入ります。上の三種は水槽内でも繁殖が可能なので、｢エビを飼う｣という面でも楽しめる種類です。しかし、ビーシュリンプなどはかなり小さいので除去能力は低いですし、他の魚に食べられてしまうこともあります。

二酸化炭素の添加を止めたりライトの点灯時間を極端に短くするのも効果がありますが、水草によくないのでほどほどにしましょう。調子を崩した水草にはコケが付きやすく、逆効果になる事も多いからです。
ただ、ライトについて見なおしておきたいところもあります。それは点灯時間。ライトは一日8時間つければ十分で、それ以上長くすると、水質が良くてもこけが出ることがあります。こけが出やすい状態になったときは5時間くらいにすればかなり効果が出てきます。

コケが生えたとなると、すぐにコケ除去の薬を入れたがる人も多いようです。各メーカーからいろいろな薬が売られており、どれも「水草には影響なし、ウイローモス、ミクロソリウムは取り出してください」といったものですが、やはり水草にも影響があるようです。人によって意見は違うのですが「入れたとたんに水草が枯れた」というひともあれば「特に変わりなし｣というひともいます。しかし、コケと水草、どちらも植物という面は同じであり、構造だってそれほど変わらないのですから水草にだって影響があると考えたほうがむしろ当たり前でしょう。水槽をセットした時からコケには悩まされますが、うちでも薬はまったく使わずにコケをなくしています。今まで上に書いてきた生物除去、また水草をたくさん植えてその自浄作用に任せる事によってコケをなくす(少なく)させる事ができます

また、ひどく原始的な方法ではありますが、「自分でこすってとる」ってのはガラスやパイプに対しては結局一番効果的です。抗菌処理していないスポンジをおすすめしていましたが、最近いいもの見つけました。
テレビ通販で最近良く耳にする「べっ○んさん」っていう白いスポンジありますね。「洗剤をつけなくても、しつこい茶渋まで・・・ほらっ！」ってやつ。あれの熱帯魚用が売ってます。私はチャームさんに試供品をもらったんですが、これかなり使えます！ガラスについた頑固な「緑丸ゴケ」も力をいれずにこすれば取れます。
魚用でないべっ○んさんを魚に使っていいのかは知りませんが。