WindowsXPなんですが、シャットダウン操作をやってもシャットダウンしません。懲りずにもう一度やるとシャットダウンします。
コントロール+オルタネート+デリートを押して動作しているプロセスを一つずつ停止して、シャットダウンしてみたんですが、どうもSkypeの何とかプラグイン(歳のせいですか、ほんとに忘れました。)をオンにして新しいバージョンのSkypeをインストールするとこの問題が起こるそうです。Skypeのwebページの掲示板に書いてありました。
プラグインをインストールしないでSkypeをインストールしなおしたら一発でシャットダウン出来ました。