エンディングのギャラリー（全13種類）
1・やさしい、もしくはイージーをクリア。もしくは大人向けモードを、4時間以上アイテム99%以下でクリア。
2・ノーマル、もしくはハードモードを、2時間以上4時間未満かつアイテム99%以下でクリア。
3・ノーマル、もしくはハードモードを、2時間以上かつアイテム100%でクリア。
4・ノーマル、もしくはハードモードを、2時間未満かつアイテム99%以下でクリア。
5・ノーマルモードで、2時間未満かつアイテム100%でクリア。
6・ふつう、もしくはむずかしいモードを、4時間以上かつアイテム99%以下でクリア。
7・ふつう、もしくはむずかしいモードを、2時間以上4時間未満かつアイテム99%以下でクリア。
8・ふつう、もしくはむずかしいモードを、2時間以上4時間未満かつアイテム100%でクリア。
9・ふつう、もしくはむずかしいモードを、2時間未満かつアイテム99%以下でクリア。
10・ふつうモードを、2時間未満かつアイテム100%でクリア。
11・ハード、もしくはむずかしいモードを、2時間未満かつアイテム100%でクリア
12・ノーマル、もしくはふつうモードを、アイテム1%でクリア。
13・ハード、もしくはむずかしいモードを、アイテム1%でクリア。
全てクリアするとギャラリーに星がつきます。
エンディングのギャラリー（全8種類）
1・イージーをクリア。もしくはノーマル、ハードを16%以上99%以下かつ4時間以上でクリア
2・ノーマル、もしくはハードを、16%以上99%以下かつ4時間未満クリア
3・ノーマル、もしくはハードを、100%かつ2時間以上でクリア
4・ノーマル、もしくはハードを、16%以上99%以下かつ2時間未満でクリア
5・ノーマルを100%かつ2時間未満でクリア
6・ハードを100%かつ2時間未満でクリア
7・ノーマルをアイテム回収率15%以内でクリア
8・ハードをアイテム回収率15%以内でクリア
クリア必須アイテムは、モーフボール、ミサイルタンク（ノーマル、イージーは１個、ハードは2個）、ボム、パワーグリップ、アイスビーム、バリアスーツ
プラズマビーム（未詳アイテムのビーム）、スペースジャンプ（未詳アイテムのmisc.）、グラビティースーツ（未詳アイテムのスーツ）
ノーマル9%ハード10%が理論値だと思います（確証なし）
バリアスーツは、入手しようがしまいが、絶対に1%に加わります。
ハンドガンは回収率には、カウントされません。
回収率100%になると、メカリドリーの耐久性と、攻撃力が約2倍になります。
またクリアすることで、ギャラリーモードとオリジナルメトロイド（FC版）が追加されます。
さらに同じセーブデータで一から始めるとアイテム入手状況がマップに記されるようになります(フュージョンと同じ仕様）。
ノーマルクリアで、ハードモード追加
ハードモードクリアでシリーズ初の、サウンドテストモード追加です。
タイムアタックモード（難易度はノーマル限定）をクリアすると、オプションにタイムアタックレコードが加わります。
100%のクリアタイムと、それ以外のクリアタイムは別々に1つずつ記録され、それぞれにパスワードがつくようです。