リューネブルク〜ケーテン時代
バッハが生涯で作曲した曲を大まかに分類すると、カンタータ（声楽曲）が約２００曲、オルガン曲が約２００曲、ミサ曲（礼拝の声楽曲）・受難曲（キリストの受難をテーマにした声楽曲）が約２０曲、モテット（無伴奏合唱曲）・コラール（賛美歌）等が４０曲もあり、その数だけでも、バッハの仕事ぶりと偉大さが分かります。
バッハの作曲活動は、アルンシュタット時代（１７０３年、１８歳）から本格的に始まりました。彼はコラール（賛美歌）を作曲活動の源として重視していました。２２歳のとき、聖ブラージウス教会のオルガニストになる試験のために、カンタータ『キリストは死の縄目につながれたり』（BWV4）を演奏しました。この作品はルター作曲のコラールの歌詞と旋律をそのまま用いたものです。
１７１４〜２３年のヴァイマル時代に、バッハは多くのオルガン・コラールを作曲しました。この時期に彼は大きく成長し、広く名声を確立しました。ヴァイマル時代の代表作は、『オルガン小曲集』です。これは、オルガニストのための賛美歌集で、教会のさまざまな礼拝で使うコラール４５曲からなっています。
また、カンタータの作曲も始められました。特に有名なのが、『主よ、人の望みのよろこびよ』です。
１７１７年〜２３年のケーテン時代に初めて創ったのが、レオポルト候の誕生祝いの『いとも尊きレオポルト殿下よ』です。そして、代表作が、６曲からなる『ブランデンブルク協奏曲』（BWV1046〜51）です。フリードリヒ一世の弟、ルードヴィヒに捧げられた曲です。
『無伴奏ヴァイオリンのためのソナタとパルティータ』（BWV1001〜06）や『無伴奏チェロ組曲』（BWV1007〜12）が完成されました。これらは技術的にとても難しい曲で、バッハはかなりの名手を想定して作曲したと考えられます。
それから、『インヴェンションとシンフォニア』（BWV772〜801）や『平均率クラヴィーア曲集 第一集』（BWV846〜896）も、ケーテン時代に創られました。この『平均率クラヴィーア曲集』はすべての調からなる２４曲のプレリュード（前奏曲）とフーガです。それまでシャープとフラットは４つまでが普通だったので、音楽史上、画期的な作曲でした。このほか、『イギリス組曲』（BWV806〜811）、『フランス組曲』（BWV825〜830）が創られました。