はじめに はじめに本レポートの本文は、第１章から第８章で構成されている。各章にはいくつかの節があり、大きな節はさらにいくつかの項に分割されている。第１章は概要で、第２章から第５章は時系列的に事件の背景や経緯、事件の内容、事件後のことなどを記述し、第６章で否定論とその反論、第７章で論争史を記載、最後の第８章は筆者のまとめにしている。
本レポートを理解していただく手助けとして、用語の定義、登場人物、日本軍の編成、参考文献（寸評付き）、などの情報を巻末に掲載したので参考にされたい。
南京事件を研究する日本側研究者の説は、次の３つのグループに分類される。なお、中国側は３０万人以上が犠牲になった、と主張している。
a)否定派
南京事件の存在について否定的な見方をする研究者などのグループで、不法殺害はなかったか、あってもごくわずか、と主張する。以前は「まぼろし派」と呼ばれ、犠牲者数については明確にしていなかった。このレポートでは「否定派」と呼ぶ。
b)中間派
１～４万人規模の不法殺害があった、と主張する研究者のグループ。最も学術的な方法でアプローチしている、という外国人研究者※もいる。 （※ ８．１節（２）参照）
a)史実派
１０数万から２０万人規模の不法殺害があった、と主張する研究者などのグループ。以前は、「まぼろし派」などから「大虐殺派」と呼ばれていたが、最近は自らを「史実派」と名乗っている。このレポートでも「史実派」と呼ぶことにする。
本レポートでは、中間派と史実派を総称して「肯定派」と呼ぶこともある。
なお、南京事件に関する日本政府の見解は、「犠牲者数には諸説あるが、非戦闘員の殺害や掠奪行為等があったことは否定できない」であり、本レポートはこれを通説として、作成している。
本レポートの作成にあたっては、上記３つのグループの主張をそれぞれ次の文書を軸にして解説している。
①否定派；
東中野修道：「南京虐殺の徹底検証」、展転社、１９９８年
東中野修道：「再現 南京戦」、草思社、２００７年
②中間派；
秦郁彦：「南京事件 増補版」、中公新書、１９８６年／２００７年
偕行社編：「南京戦史」、偕行社、１９８８年、非売品
偕行社編：「証言による南京戦史」、雑誌『偕行』、１９８４年４月～１９８５年３月
③史実派；
笠原十九司：「南京事件」、岩波新書、１９９７年
（注）東中野氏の著書は、見解が途中で変わっていたり、「・・・徹底検証」には書かれていないことが「再現 南京戦」には書かれていたりするので、この２書を軸とした。
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