全国には真言宗智山派として約３，０００の寺院があります。そのうち、総本山、大本山、別格本山は次の６つです。
総本山 智積院
大本山 成田山新勝寺
大本山 川崎大師平間寺
大本山 高尾山薬王院
別格本山 高幡山金剛寺
別格本山 大須観音寶生院
