～利己的遺伝因子の世界～トランスポゾン、ウイルス、プラスミド～
私、小島健司はレトロエレメント（逆転写酵素を持つ利己的遺伝因子）を中心として利己的遺伝因子自身の進化と利己的遺伝因子がもたらす生物の進化の両者を研究してきました｡究極的にはすべからく利己的である遺伝子同士がどのようにして共生して生命体を作り上げているのか、その根本原理を知りたいと思っています｡
転移因子は基本的に利己的です。しかし､自分の増殖を多少犠牲にしても宿主に被害を与えない方が有利な場合があります｡標的配列特異性は､特定の反復配列にだけ挿入されることで遺伝子を破壊しない「共生的」な生存戦略です｡私は配列特異的な転移因子の進化を研究してきました。
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[2] Kojima KK, and Fujiwara H. | ||||
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Evolution of target specificity in R1 clade non-LTR retrotransposons Molecular Biology and Evolution, 2003; 20(3): 351-361 | ||||
| 28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR1の仲間が様々な反復配列にそれぞれ特異的に挿入されることを示した論文です｡ | ||||
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| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[3] Kojima KK, and Fujiwara H. | ||||
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Cross-genome screening of novel sequence-specific non-LTR retrotransposons: various multicopy RNA genes and microsatellites are selected as targets Molecular Biology and Evolution, 2004; 21(2): 207-217 | ||||
| 節足動物で知られていた28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2を脊椎動物から初めて報告した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[7] Kojima KK, and Fujiwara H. | ||||
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Long-term inheritance of the 28S rDNA-specific retrotransposon R2 Molecular Biology and Evolution, 2005; 22 (11): 2157-2165 | ||||
| 28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2が垂直伝播によって数億年維持されてきたことを示した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[9] Kojima KK, Kuma K, Toh H, and Fujiwara H. | ||||
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Identification of rDNA-specific non-LTR retrotransposons in Cnidaria Molecular Biology and Evolution, 2006; 23 (10): 1984-1993 | ||||
| 28S rRNA遺伝子に特異的に挿入されるR2と、R2に起源し18Sに挿入するR8を刺胞動物から報告した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
生物のゲノムは無数の遺伝子が互いに依存し合いながら増殖のチャンスを最大にしていく、いわば遺伝子の共生システムです。このような遺伝子の共生システムはもっと小さな単位では､ウイルスや転移因子などの可動性遺伝因子でも見られます｡私は可動性遺伝因子の中でどのように遺伝子同士が互いを補い合ってきたのかを研究してきました｡
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[5] Kojima KK, and Fujiwara H. | ||||
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An extraordinary retrotransposon family encoding dual endonucleases Genome Research, 2005; 15 (8): 1106-1117 | ||||
| 2つのエンドヌクレアーゼドメインを持つnon-LTR retrotransposon Dualenの報告論文です｡ | ||||
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| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[10] Kojima KK, and Kanehisa M. | ||||
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Systematic survey for novel types of prokaryotic retroelements based on gene neighborhood and protein architecture Molecular Biology and Evolution, 2008; 25 (7): 1395-1404 | ||||
| 遺伝子の組み合わせを指標に新規のレトロエレメントのグループを原核生物で多数報告した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
転移因子は基本的に利己的であり、自分自身の複製の機会を最大にすべく進化してきました｡しかし、一方で偶然に宿主に有利な突然変異をもたらし､宿主の生存成功度を向上させてきたのもまた事実です。私はそのように転移因子が宿主に貢献する様々な形を研究してきました｡
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[8] Osanai M*, Kojima KK*, Futahashi R, Yaguchi S, and Fujiwara H. (* These authors made equal contributions to this work.) | ||||
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Identification and characterization of the telomerase reverse transcriptase of Bombyx mori (silkworm) and Tribolium castaneum (flour beetle) Gene, 2006; 376 (2): 281-289 | ||||
| 昆虫のテロメラーゼの初報告論文です｡ | ||||
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| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[11] Kojima KK, and Okada N. | ||||
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mRNA retrotransposition coupled with 5' inversion as a possible source of new genes Molecular Biology and Evolution, 2009; 26 (6): 1405-1420 | ||||
| L1のタンパク質がmRNAの5'側を逆転させて転移させることで新しい構造の遺伝子が誕生する可能性を示した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[18] Kojima KK, and Jurka J. | ||||
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Crypton transposons: identification of new diverse families and ancient domestication events Mobile DNA, 2011; 2: 12. Epub 2011 Oct 18 | ||||
| マイナーな転移因子であるCryptonがヒトの6つの遺伝子の起源であることを示した論文です。 | ||||
| Abstract | PDF(full text) | HTML(full text) | ||
ヒトやマウスなどの哺乳類ではゲノムサイズは大きいながらも種類の少ない転移因子がその大きな割合を占めています｡私は進化的にこれらの転移因子が哺乳類のゲノム中にどのように維持されているのかを研究してきました｡
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[13] Kojima KK. | ||||
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Different integration site structures between L1 protein-mediated retrotransposition in cis and retrotransposition in trans Mobile DNA, 2010; 1: 17 | ||||
| L1のタンパク質が触媒する転移はL1自身とその他のRNAで挿入位置の特徴が違うことを報告した論文です｡ | ||||
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| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[14] Kojima KK. | ||||
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Alu monomer revisited: Recent generation of Alu monomers Molecular Biology and Evolution, 2011; 28 (1): 13-15 (E-pub 2010/08/16) | ||||
| 最近でもAluの単量体が誕生していることを明らかにした論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
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[15] Kojima KK, Kapitonov VV, Jurka J. | ||||
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Recent expansion of a new Ingi-related clade of Vingi non-LTR retrotransposons in hedgehogs Molecular Biology and Evolution, 2011; 28 (1): 17-20 (E-pub 2010/08/17) | ||||
| 哺乳類で最近転移したnon-LTR retrotransposonとしてL1、RTEに次ぐ第3のグループであるVingiを報告した論文です｡ | ||||
| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
転移因子はウイルスと異なり､少数の遺伝子しかコードしていません｡従って生活環のほとんどを宿主のシステムに依存しています。転移因子は一見宿主の常識を逸脱しているように見えますが､転移因子から宿主の機構を知ることもできます。私は転移因子を利用して、宿主の例外的な翻訳機構を明らかにしました。
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[6] Kojima KK, Matsumoto T, and Fujiwara H. | ||||
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Eukaryotic translational coupling in UAAUG stop-start codons for the bicistronic RNA translation of non-LTR retrotransposon SART1 Molecular and Cellular Biology, 2005; 25 (17): 7675-7686 | ||||
| SART1のRNAから2つのタンパク質が翻訳される機構がtranslational couplingであることを示した論文です｡ | ||||
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| Abstract | 日本語要旨(PDF) | PDF(full text) | HTML(full text) | |
転移因子の新規同定と分類は、ゲノム進化研究と遺伝子機能研究へのステップとして必須です。新しく読まれたゲノムからは、これまでに知られていない転移因子が見つかる可能性もあります。私は共同研究として以下のゲノム解読研究で転移因子の同定と分類を担当しました。
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[16] Cantu D, Govindarajulu M, Kozik A, Wang M, Chen X, Kojima KK, Jurka J, Michelmore RW, Dubcovsky J. | ||||
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Next generation sequencing provides rapid access to the genes of wheat stripe rust. PLoS ONE, 2011; 6(8):e24230. Epub 2011 Aug 31. | ||||
| 重要な小麦の病原菌Puccinia striiformisのゲノムを次世代シーケンサーで解読した論文です｡ | ||||
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| Abstract | PDF(full text) | HTML(full text) | ||
また、研究の一環として新規の転移因子を発見同定し、Repbase Updateに登録しています。これまでに登録した配列は3000を超えました。このほとんどは、電子ジャーナルRepbase Reportsで報告しています。
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Repbase Updateに登録した配列の一覧。 | ||||
| 画面の検索内容のうち、"Kojima, K", "Kojima, KK"が私の登録分です。 | ||||
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