今から1.900年前，日本武尊が東の国の平和を祈り，伊奘諾尊・伊奘册尊を祀ったのが始まりで，尊を導いた山犬（狼）が神のお使いであると伝えられている。奈良時代，国々に疫病が流行し，聖武天皇（724年〜749年）が祈願され「大明神」.号を賜ったとの事。平安時代には，山伏の修行道場とし，江戸時代に山主日光法印が各地に三峯信仰を広め，社殿の造営を行い，現在の基を築いた。神佛を祀っていた三峯山は明治の神佛判然令ににより神を祀る神社となった。

前述の日本武尊を導いた山犬について，古事記・日本書記を基として著されている『増補點註國史略』の中では，景行天皇10年（西暦111年）に「皇子，信濃に入り，大山を経，山神，白鹿に化し皇子を苦しむ。皇子，蒜を以て之を弾き眼に中って死す。皇子忽ち道を失う。白狗（狼）有り，皇子を導くの状あり。遂に美濃に出るを得。」とあり，双方の説には興味深いものがある。