| トウマルート | クスハルート | クォヴレールート | セレーナルート | |||||||||||||||||||||||||||||
| 闘志、炎に燃ゆる | 出撃！ 鋼の龍虎 | 虚空からの転生 | シークレット・ミッション | |||||||||||||||||||||||||||||
| さらばGGG、さらば勇者 | 新たなる侵略者！ 立ち上がれV！ | 血の狼煙 | フラッシュ・デイ | |||||||||||||||||||||||||||||
| 逆襲！ 機界31原種！ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 地獄門、開く | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 地球圏絶対防衛線 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 平和、遥か遠く | 北米戦線、異常アリ | GUNDAM出撃 | ザ・ビギニング | |||||||||||||||||||||||||||||
| 燃えろ宙！ 妖花フローラの挑戦 | 怒りの獣、野生の咆哮 | 崩壊の大地 | ワンズ・ジャスティス | |||||||||||||||||||||||||||||
| 立ち上がれ！ 勇気ある者達 | 輝け！ 不死身の勇者 | 誘う声 | インビジブル・イントルーダー | |||||||||||||||||||||||||||||
| 乗換：クォヴレーが ベルグバウに乗換え。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 内なる修羅 | 再会！ ニューヨーク解放戦 | 正義の在処 | アベンジャー | |||||||||||||||||||||||||||||
| 激震の地底帝国 | 龍を喰らうもの | 消えていく光 | グッバイ・フレンズ | |||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：雷鳳に『ライジングメテオ』が追加。 雷鳳から『システムLIOH』が削除 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 戦場の邂逅、そして決別 | 新たなる人類 | 君と戦場で | パワー・ジャンクション | |||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：ビルトビルガー（アラド） | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 守るべきモノ | 別れの宇宙 | ディーンの火 | コンクルージョン | |||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：ベルグバウに 『アキシオン・バスター』が追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| もう一度、自らの足で | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 光と闇 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| オペレーション・ハルパー | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 遥かなる凱歌 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 導かれる魂、銀河で | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ディスコード・ハーモニー | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 銀河流浪 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 母と誓った明日のために | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 分岐ポイント | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 地上部隊へ編成する | 対星間連合部隊へ編成する | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ラー・カイラム、アークエンジェル、モビルスーツ部隊、EVAチーム、バルキリー部隊 | 大空魔竜戦隊、マジンガーチーム、ゲッターチーム、鋼鉄ジーグ コン・バトラーV、ライディーン、獣戦機隊、勇者ロボ |
|||||||||||||||||||||||||||||||
| 宇宙に降る星 | 悪夢への招待状 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 強襲、砂漠の虎 | 異邦人達の帰還 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| プリティ・デビル | 裏切りの代償 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| VF-1J・Sバルキリー | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 砂塵の果て | 発動する力、無限大 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| エモーション・ハイ | 決戦！ 地獄の月荒野！ | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：YF-19、YF-21に合体攻撃『ダブルピンポイントバリアパンチ』が追加。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 戦神の星で | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：トールギスⅢ（ゼクス）、トーラス（ノイン）ボルテスⅤ（健一）、ダイモス（一矢）、ガルバーFXⅡ（京四郎） | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 選ばれし者、選びし者 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| かりそめの旅人 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：テムジン747J（チーフ）、フェイ・イェン・ザ・ナイト（フェイ）、アファームド・ザ・ハッター（ハッター） | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 勝利への誓い | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 勇気ある者達の誓い | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 駆け抜ける竜巻 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| いつか星の海へ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 離脱：ガオガイガー（凱） 加入：アルブレードカスタム（リュウセイ）、R-GUNパワード（ヴィレッタ） |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 押された烙印 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：ガオファイガー、光竜、闇竜 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 分岐ポイント | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 地球部隊へ編成する | 外宇宙部隊へ編成する | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ラー・カイラム、アークエンジェル、モビルスーツ部隊、マジンガーチーム 鋼鉄ジーグ、獣戦機隊、ボルテスⅤ、ダイモス、EVAチーム |
ゴーショーグン、ゲッターチーム、コン・バトラーV、ライディーン、勇者ロボ 大空魔竜戦隊、バーチャロイド 加入：バトル7（マックス）、VF-17Dナイトメア*2（ガムリン、フィジカ） VF-19改Fバルキリー（バサラ）、VF-11MAXL改（ミレーヌ） VF-17T改ナイトメア（レイ、ビヒータ）、YF-19（イサム）、YF-21（ガルド） |
|||||||||||||||||||||||||||||||
| 終わらない閃光 | ロスト・ディーヴァ | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 離脱：ストライクガンダム（キラ） | 加入：VF-1S・Sバルキリー（フォッカー）、VF-1S・Sバルキリー（輝） | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 青き清浄なる世界のために | 禁断の惑星へ | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：フリーダムガンダム（キラ）、ダイターン3（万丈）、ブラックウィング（アラン） ノイマン（アークエンジェルのサブパイロットに） 離脱：ナタル |
離脱：金竜 入手：デストロイドモンスター |
|||||||||||||||||||||||||||||||
| 守護神の巫女 | インフィニティ・ソウル | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：VF-17Dナイトメア（ドッカー） 武装：VF-19改Fバルキリー、VF-11MAXL改、VF-17T改ナイトメアに 『サウンドブースター』が追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 暁への脱出 | 受け継ぎし遺産 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：ストライクガンダム（ムウ機）、バスターガンダム（ディアッカ） ジャスティスガンダム（アスラン）、ストライクルージュ（カガリ） M1アストレイ*3（アサギ、マユラ、ジュリ） ファイナルダンクーガ（忍） |
加入：VF-1A・Sバルキリー（柿崎） 武装：ライディーンに『ムートロン開放』が追加 サウンドフォースに合体技『POWER TO THE DREAM』が追加。 |
|||||||||||||||||||||||||||||||
| 武人の心、その意味 | 怒りの強念者 | 虚ろな魂の捕囚 | ベトレイヤー | |||||||||||||||||||||||||||||
| 離脱：雷鳳 | 離脱：ベルグバウ | 加入：アルテリオン（アイビス） 乗換：スレイがアルテリオンのサブに。 離脱：ASソレアレス、ベガリオン |
||||||||||||||||||||||||||||||
| 闘志、誰がために | 魂、久遠に | THE GUN OF DIS | クロージング・ハート | |||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：大雷鳳 | 離脱：轟龍・改、雷虎・改 加入：真・龍虎王（クスハ） |
加入：ディス・アストラナガン | 加入：ASアレグリアス | |||||||||||||||||||||||||||||
| 激突！ 勇者VS勇者！ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 入手：リ・ガズィ、量産型νガンダム、メガライダー、ブラックゲッター、ガンダム試作2号機 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | バサラ放浪 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 果て無き旅路の始まり | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：ガンバスター（ノリコ）、シズラー黒（ユング） 武装：EVA初号機に『マゴロク・Eソード』が追加。EVA零号機・改に『N2地雷』が追加。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 分岐ポイント | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ソロシップ側にいる | バトル7側にいる | |||||||||||||||||||||||||||||||
| ラー・カイラム、アークエンジェル、ソロシップ、モビルスーツ部隊、ダイターン3 イデオン、ゲッターチーム、ライディーン、勇者ロボ、EVAチーム |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 運命の炎の中で | 戦火は星の瞬きと | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 離脱：モエラ 加入：ギジェ 武装：イデオンに『イデオンガン』が追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 果てに待つもの | ただ母星のために | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：真・ゲッター1に『真・シャインスパーク』が追加 | 武装：ゴーショーグンに『ゴーフラッシャースペシャル』が追加。 | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 勇者王、最後の刻！ | 勇気、果つる時… | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 離脱：ガオファイガー（凱）、炎竜、氷竜、ボルフォッグ、ゴルディマーグ、マイク・サウンダース13世、光竜、闇竜 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 銀河が消滅する日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 超勇者黙示録 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：ジェネシックガオガイガー、ジェイアーク（ソルダートJ、トモロ0117、ルネ） 武装：ジェイフェニックス |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 過去からの願い | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 閉ざされた世界で | 真の龍神 | 人形達の宴 | サイレント・クライ | |||||||||||||||||||||||||||||
| 闘志、未来のために | 四神招魂、ここに | 鋼の戦神 | マイホーム・マイフレンズ | |||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：大雷鳳に『神雷』が追加 | 真・龍虎王が真・虎龍王に変形可能に | 加入：ツグミ（アルテリオンのサブに） ベガリオン 乗換：スレイがベガリオンに乗換え ハイペリオンへの合体が可能に。 |
||||||||||||||||||||||||||||||
| 全主人公共通 加入：バンプレイオス（ライ、マイ）、ダイゼンガー（ゼンガー）、アウセンザイター（レーツェル） 乗換：リュウセイがバンプレイオスのメインパイロットに。 技能：リュウセイに『念動力』が追加。リュウセイの小隊長能力に『ダメージ-10％』が追加。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 分岐ポイント | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 正義の旗の下に | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 地球に帰還させる | 他の星系に向かわせる | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 地上でイルイ保護作戦に参加させる | 宇宙で対ザフト戦に参加させる | バロータ星系へ向かわせる | ボアザン星系へ向かわせる | |||||||||||||||||||||||||||||
| 大空魔竜戦隊、マジンガーチーム ゲッターチーム、鋼鉄ジーグ、獣戦機隊 |
ラー・カイラム、アークエンジェル モビルスーツ部隊、EVAチーム |
バトル7、バルキリー部隊、トップ部隊 ダイターン3、ゴーショーグン |
ソロシップ、イデオン、勇者ロボ、VR 超電磁ロボ、ダイモス、ライディーン |
|||||||||||||||||||||||||||||
| とらわれの心、叫ぶ時 | 忍び寄る終焉 | 悪夢の突入作戦 | もう一つの母星ボアザン | |||||||||||||||||||||||||||||
| 入手：フルアーマーパーツ ヘビーウェポンシステム ＩWSPパーツ（換装パーツ） プル・プルツー関連ユニット ビーチャ・モンド関連ユニット コウ・キース関連ユニット 武装：EVA弐号機に『ATフィールド』追加 EVA零号機・改に『ﾛﾝｷﾞﾇｽの槍』追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| さらば父よ、戦士達の旅立ち | 永遠を信じて | 野望の第4惑星 | 崩れゆく邪悪の塔 | |||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：マジンカイザーに 『カイザーノヴァ』が追加。 |
加入：エターナル （ラクス、バルトフェルド） 入手：ラゴゥ、バクゥ ミーティア（換装パーツ） |
武装：コン・バトラーV、ボルテスⅤ ダイモスに合体攻撃 『超電磁烈風正拳突き』が追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||
| 神になろうとした男 | ヒトの見た夢 | 大宇宙の意志 | 因果の海で | |||||||||||||||||||||||||||||
| 入手：VF-19Sエクスカリバー VF-19Fエクスカリバー*2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 失われた者たちへの鎮魂歌 | 銀河に死す | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 入手：VF-19Sエクスカリバー、VF-19Fエクスカリバー*2 | 入手：ラゴゥ、バクゥ | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 銀河に響く歌声 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：VF-22S・SボーゲルⅡ（マックス）、VF-22S・SボーゲルⅡ（ミリア）、シビル、FBｚ-99Gザウバーゲラン（ガビル） 乗換：バトル7のメインパイロットがエキセドルに。 武装：VF-19改FバルキリーSBに合体技『TRY AGAIN』追加。 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| ┃ | 新たなる海原へ | |||||||||||||||||||||||||||||||
| 二つの門と二つの星 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 終わらない明日へ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 技能：カガリ、ラクスに特殊技能『SEED』が追加 加入：デュエルガンダム（イザーク） |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 世界の中心でアイを叫んだけもの | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 武装：EVA零号機・改の『ロンギヌスの槍』が削除。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 出航！ 銀河殴り込み艦隊！ | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：カズミ（ガンバスターのサブパイロットに） 武装：ラー・カイラムに『核ミサイル』（通常、MAP兵器）が追加。ガンバスターに『スーパーイナズマキック』が追加。 入手：Hi-νガンダム、サザビー、プル・プルツー関連ユニット、ビーチャ・モンド関連ユニット、コウ・キース関連ユニット デストロイド・モンスター、F型装備（換装パーツ）フルアーマーパーツ、IWSPパーツ、アトミックバズーカ（換装パーツ） |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| 神に守られし星 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 加入：アヤ（バンプレイオスのサブパイロットに）、シュムエル（ルリア）、ベミドバン（バラン） 武装：バンプレイオスに『天上天下念動無双剣』が追加。バンプレイオス、R-GUNパワードに合体攻撃『天上天下一撃必殺砲・改』が追加 |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| まつろわぬ神 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 終わりなき総力戦 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| 分岐ポイント | ||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| スペシャルステージ （全てのフローチャートを埋めることにより、出現） |
||||||||||||||||||||||||||||||||