モナコ式システムは、モナコ水族館で実践され、好成績を残している濾過システムです。水族館では水槽内に70cm以上の珊瑚砂を入れ、その底砂中で表層に住む好気的細菌と下層に住む嫌気的細菌により水質浄化のバランスを取らせると共に、底砂下部層で珊瑚が必要とするカルシウムを海水中に溶出させます。

　個人の水槽では、70cmもの底砂層は無理ですので、実際には簀の子等を利用した改良型（プレナム）を使用します。底砂の下部に底面濾過の簀の子などを入れることにより、嫌気的止水域をつくることで厚い底砂の代用とします。

　メリットとして、添加剤やカルシウムの添加が不必要で、ほとんど換水の必要がない事が上げられ、コスト面を押さえることが出来ます。デメリットとして、完全なナチュラルシステムであるが故に、海水魚の多い（餌を多量に必要とする）水槽には向きません。また、嫌気的止水域で何かの拍子に硫化水素が発生したり、突然のシステムバランスのくずれも無いとはいえないようです。

　　　　　　珊瑚　　−−−　ソフトコーラルに向く

　　　　　　メリット　−−−　添加剤が不必要、換水がほとんど不必要

　　　　　　デメリット−−−　魚がほとんど飼えない（サンゴ等のみ）