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少年法上の「医療少年院送致」になった者に対応するのは、「関東、京都」の２つの医療少年院だけである。 　一般の少年院は、男子の少年院か女子の少年院に別れているが、医療少年院だけは、１つの少年院内で男女を別の建物に隔離できる場合はその限りではない。 　男子の特殊教育課程は「関東、神奈川、宮川」の３つの医療少年院が受け持つ。また、医療少年院の名はついていないが中津少年学院でも対応できる。 　女子の特殊教育課程は、一般の女子少年院全て（全９か所）に併設されているが、ただし軽くない者は「関東、京都」の２つの医療少年院が受け持つ。 　医療少年院では、わが国の精神医療分野のトップレベルの医師がそろっている。

全国４つの医療少年院	それぞれの医療少年院の特徴
関東医療少年院（東京都）	男子と女子を収容。 　東日本の医療の広域センター。 　男子は三つの寮がある。
神奈川医療少年院（相模原市）	男子のみを収容。 　特殊教育課程に対応。
宮川医療少年院（三重県）	男子のみを収容。 　特殊教育課程に対応。
京都医療少年院（宇治市）	男子と女子を収容。 　西日本の医療の広域センター。 　ただし特殊教育課程は女子のみが対象である。女子でも軽度の者は一般の女子少年院で治療を受ける。