日本バイブル・プロテスタント基督教会の歴史は、1952年３月に米国バイブル・プロテスタント・ミッションより派遣されたデール・アクスリー宣教師一家の来日に始まる。翌1953年８月には熊本県人吉市を拠点に定め、以後球磨・人吉地方での宣教活動を展開。翌1954年４月には第１回洗礼式(13名)が行われ、ここに人吉聖書教会が誕生した。人吉聖書教会は、1956年に人吉市南泉田町に教会堂を建設。現在の教会堂は教会付属の人吉ひかり幼稚園の敷地内(人吉市城本町)にある。人吉ひかり幼稚園は2006年3月31日に閉園した。
同時期のアクスリー師の家庭集会等の宣教活動は、球磨郡多良木町に多良木聖書教会の誕生を見た。1960年には同ミッションより派遣されたジョージ・レデン師ご家族が赴任。1963年には教会堂の土地購入、1966年には教会堂建設、以後牧師館、付属幼稚園を建設。その間レデン師の帰国に伴い再びアクスリー師を牧会者とて迎える。現在の教会堂は元付属幼稚園の土地建物を改築、使用している。
熊本市の帯山聖書教会は、1960年アクスリー師の宣教活動に始まり、1961年には保田窪本町(現在の帯山)に会堂を建設。翌1962年、原口貞吉師が初代牧師に就任。教会堂は、以後数度の増改築を経て今日に至る。
えびの聖書教会は、グループ教会壮年有志による伝道団体である「九州福音伝道団」により1974年に開始された大口伝道(鹿児島県大口市)に端を発する。大口聖書教会には1979年に勝本正実牧師が初代牧師として就任。その後伝道の拠点は吉松、えびの方面に移り、1985年にはえびの聖書教会が誕生。横山秀喜師が初代牧師に就任し、以後大口、吉松伝道も、えびの聖書教会に一本化される。
熊本北聖書キリスト教会（設立時は熊本北聖書教会）は、帯山聖書教会の枝教会として1988年に発足。同年、九州福音伝道団の協力の下、久留健一郎師が初代牧師として就任。 1990年には熊本県合志市（当時は菊池郡西合志町）に教会堂を購入し、現在に至る。
若葉聖書教会は、センド国際宣教教団の宣教師ダビデ・クルーズ師の熊本市における宣教活動に端を発する。1993年、クルーズ師の帰国に伴い、帯山聖書教会が同教会の土地建物を購入。帯山聖書教会の枝教会として熊本市若葉での伝道活動を継承した。2002年帯山聖書教会の都合で閉鎖となった。
熊本東聖書キリスト教会は、2002年4月「九州福音伝道団」の応援によって発足。豊世武士師が初代牧師となり、熊本県上益城郡益城町木山において活動中。